Работа с Uniprot

В базе данных RefSeq запись о белке регуляторе транскрипции HTH-типа (putative HTH transcription regulator) из археи Archaeoglobus fulgidus находится под названием NP_070832.1. Для того, чтобы узнать Uniprot AC этого белка, я использовала ID mapping на сайте Uniprot. Результат: ID: O28271_ARCFU, AC: O28271.

Для поиска ортологов (гомологичных белков организмов разных видов) моего белка я использовала расширенный поиск на сайте Uniprot. Мой запрос выглядел так: name: "HTH" AND taxonomy:"Archaeoglobus [2233]", при этом искались как регуляторы, так и факторы транскрипции. В списке находок моего белка не оказалось, потому что в базе Uniprot он является белком с невыясненной функцией. Полный геном секвенирован только у Archaeoglobus fulgidus, а две последовательности из Swiss-Prot опять же принадлежат Archaeoglobus fulgidus. Поэтому я выбрала белки с ID:D2REC5_ARCPA и ID:N0BEZ3_9EURY. Описания белков представлены в таблице.

Информации о моем белке в базах данных мало, но на некоторые вопросы можно ответить, зная предполагаемую функцию белка.

Вопрос №1.Последовательности большинства белков начинаются с метионина. Почему? После биосинтеза в процессе созревания белка метионин может быть удален. Указан ли метионин в начальной позиции заданного белка? А удаляется ли он потом?
Трансляция начинается со старт-кодона, который кодирует аминокислоту метионин. В моем белке, по данным Uniprot, на первой позиции действительно значится метионин, но описании трехмерной структуры в RCSB PDB уточняется, что на первой позиции в последовательности находится модифицированная аминокислота - селенометионин. О том, удаляется ли метионин или селеномтионин после, нигде не упоминается.

Вопрос №2. Опишите функцию и состав комплекса, в который входит данный белок.
Мой белок является регулятором транскрипции HTH-типа. Судя по наличию HTH-мотива (helix-turn-helix), белок специфически связывается с ДНК и участвует в регуляции транскрипции. Скорее всего, данный белок выполняет свою функцию в комплексе с другими белками, регуляторами и факторами транскрипции.

Вопрос №3.Мутация по какому аминокислотному остатку нарушит связывание белка с каким-либо субстратом?
Поскольку мой белок связывается с ДНК, то мутации, замещающие положительно заряженные аминокислоты (например, лизин и аргинин) на отрицательно заряженные, негативно скажутся на эффективности связывания белка с субстратом.