Работа с Uniprot | Учебный сайт Валяевой Анны

Поиск в Uniprot

Поиск компонентов АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus

Последовательность запросов для поиска компонентов АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus в Uniprot отражена в таблице 1. На рисунке 1 показан последний запрос.

Таблица 1. Запросы для поиска компонентов АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus в Uniprot

Геном или таксон	Строка запроса	Число записей	Комментарии
геном Archaeoglobus fulgidus DSM 4304	organism:"Archaeoglobus fulgidus DSM 4304"	0	Непонятно!
штаммы Archaeoglobus fulgidus	organism:"Archaeoglobus fulgidus"	2415	Полное название организма: "Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)"
геном Archaeoglobus fulgidus DSM 4304	organism:"Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)"	2400	Слишком много!
геном Archaeoglobus fulgidus DSM 4304	organism:"Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)" AND name:"ATP syntase"	0	Опять что-то не то...
геном Archaeoglobus fulgidus DSM 4304	organism:"Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)" AND name:"ATPase"	13	Есть явно лишние находки
геном Archaeoglobus fulgidus DSM 4304	organism:"Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126)" AND gene:atp*	7	То, что надо!
геном Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1	organism:"Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1" AND gene:atp*	6	То, что надо!

Рис. 1. Итоговый запрос для поиска компонентов АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus в Uniprot

В результате были найдены 7 записей о субъединицах АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus. Все белки содержатся в базе Swiss-prot. Существование одного белка доказано на уровне существования белка, остальные выведены по гомологии. Гены белков расположены близко друг с другом, значит, они ко-локализованны.

Поиск компонентов АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus

На рисунке 2 представлен результат последнего поиска компонентов АТФ-синтазы археи Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1 в Uniprot. Были найдены 6 записей, все они содержатся в разделе TrEMBL базы данных Uniprot, то есть они не проверены экспертами. Все найденные белки выведены по гомологии (возможно, при сравнении с относительно хорошо изученными субъединицами АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus). Так все гены белков расположены рядом, можно судить об их ко-локализованности.

Рис. 2. Итоговый запрос для поиска компонентов АТФ-синтазы археи Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1 в Uniprot

В отличие от АТФ-синтазы археи Archaeoglobus fulgidus, здесь отсутсвует субъединица I.

Поиск гомологов субъединицы A АТФ-синтазы V-типа

Для поиска гомологов субъединицы A АТФ-синтазы V-типа я использовала запрос: name:"V-ATPase subunit A" AND gene:atpA AND taxonomy:"Archaea [2157]". В результате нашлось 284 записи о белках. Из них я выбрала 10, которые на рисунке 3 отмечены галочками слева. Fasta-файл с последовательностями выбранных белков можно скачать здесь.

Рис. 3. Поиск гомологов субъединицы A АТФ-синтазы V-типа в Uniprot