Онлайн BLAST

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

По заданному фрагменту нуклеотидной последовательности необходимо было определить бактерию, из генома которой был взят этот 300-нуклеотидный фрагмент. Программа megablast на сайте NCBI показала, что данный нуклеотидный фрагмент принадлежит архее Methanobrevibacter ruminantium M1, запись RefSeq: NC_013790.1, координаты данного фрагмента в записи: 1145..1444, он кодирует белок инициации репликации Cdc6-1 из семейства cdc6 (cdc6 family replication initiation protein Cdc6-1).

Поиск гомолога белка человека в слоне

Для этого задания я выбрала белок Vasohibin-1: его аминокислотная последовательность. На сайте ENA был проведен поиск гомолога этого белка в геноме африканского слона. Параметры лучшей находки (а нашлось всего два гомолога) представлены в таблице 1.

Таблица 1. Параметры лучшей находки.

Параметр	e-value	длина выравнивания	identity выравнивания	координаты гена в геноме слона	количество интронов в гене слона
Значение	4E-144	264	95%	52800358->52810259	5

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Для этого задания нужно было выбрать тРНК из заданной бактерии и провести поиск гомологов среди бактерий этого же порядка. Я выбрала триптофановую тРНК археи Archaeoglobus fulgidus DSM 4304, поиск проводился по порядку Archaeoglobales.
Алгоритм megablast нашел 5 гомологов;
алгоритм blastn с параметрами по умолчанию нашел 1 гомолога, включая исходную тРНК;
алгоритм blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 нашел 5 гомолгов, включая исходную тРНК.
Алгоритмы megablast и blastn с максимально чувствительными параметрами нашли одинаковое число гомологов, но параметры находок не совпадают. Алгоритм blastn с параметрами по умолчанию оказался совсем не результативен в данном случае.