SNP, индели и сборка

Поиск однонуклеотидных полиморфизмов и инделей

Работа проводилась с ридами, картированными на геномы хлоропласта и митхондрии резуховидки из прошлого практикума. Для работы с программой bcftools нужно перевести файл в формат .bcf: samtools mpileup -ugf rez.fasta aln.sorted.bam > indels.bcf. Затем были найдены индели и однонуклеотидные полиморфизмы: bcftools view -vcg indels.bcf > indels.vcf. С помощью команд grep и wc -l подсчитали количество инделей - 287, SNP - 653.

Сборка хлоропласта и митохондрии

Для сборки генома использоваласть программа velvet.

Для начала нужно создать банк k-меров длиной 23: velveth velveth_dir 35 -fastq trimmomatic.fastq. N50 в этом случае равен 248.

Затем была произведена сборка по банку k-меров: velvetg velveth_dir -cov_cutoff auto.

С помощью сортировки в MS Excel были выбраны 10 самых длинных контигов, информация о них представлена в таблице 1. Принадлежность контигов была проверена с помощью BLAST online

Таблица 1. 10 самых длинных контигов.

Номер контига	Длина контига	Принадлежность
5781	6009	Митохондрия
49177	4538	Митохондрия
7700	4174	Митохондрия
5801	3841	Митохондрия
391	3793	Митохондрия
12967	3429	Митохондрия
5171	3305	Митохондрия
37868	3210	Митохондрия
13227	3201	Митохондрия
2928	3177	Митохондрия