Работа с KEGG ORTHOLOGY

Для выполнения практикума среди предложенных биохимических путей я выбрала путь деградации жирных кислот (β-окисление). Одну из реакций этого биохимического пути (R04739) катализирует 2 ортологических ряда белков:
K07515 и K10527, каждый из которых содержит по 72 белка.

Рис. 1. Схема пути деградации жирных кислот. Цветным прямоугольником обозначена выбранная реакция - R04739.

Далее были получены идентификаторы белков ортологических рядов и их аминокислотных последовательности, было проведено множественное выравнивание на сервере Muscle. Проект этого выравнивания в Jalview можно скачать здесь. Единичные белки, относящиеся как к одному, так и к другому ортологическим рядам, несколько выделялись в выравнивании, однако я решила их остовить, чтобы посмотреть, как их присутствие отразится на дереве.

Затем в программе MEGA было построено дерево по выравниванию этих белков методом Neighbor-Joining, со 100 бутстреп-репликами. Изображение полученного дерева представлено на рисунке 2. Можно заметить, что все дерево явно распадается на две клады, соответствующие отдельным ортологическим рядам, поддержка соответствующей нетривиальной ветви состовляет 100, что говорит о ее достоверности. Белки, к которым ведут более длинные ветви, оказались теми белками, которые были плохо выравнены относительно большинства.

Рис. 2. Дерево белков ортологических рядов K07515 и K10527. Изображение получено с помощью программы MEGA.