Геномное окружение. База данных STRING

"Мой" белок - гипотетический белок с идентификатором NP_070832.1 из археи Archaeoglobus fulgidus, штамм DSM 4304. Его аминокислотную последовательность можно скачать здесь.

В базе данных STRING имеется информация по изучаемому белку. Граф взаимодействий, построенный для "моего" белка, представлен на рисунке 1. На первом (и единственном) уровне близости "мой" белок связан с пятью другими. Ребра графа, окрашенные в зеленый цвет, означают то, что два белка располагаются в геноме рядом, ребра, окрашенные в желтый цвет, - то, что вместе упоминаются в статье из PubMed. Информация об изображенных на графе белках представлена в таблице 1.

Граф взаимодействий белка A2008 (NP_070832.1) из Archaeoglobus fulgidus

Рис. 1. Граф взаимодействий белка AF_2008 (NP_070832.1) из археи Archaeoglobus fulgidus.

Таблица 1. Белки, предположительно функционально связанные с белком A2008 (NP_070832.1) из археи Archaeoglobus fulgidus.

Идентификатор	Тип взаимодествия	Функция
AF_1422	упоминаются вместе в статье	аспартат-рацемаза
AF_1349	упоминаются вместе в статье	рубредоксин
AF_0880	упоминаются вместе в статье	рубредоксин
AF_2009	расположены рядом в геноме	участвует в биосинтезе гема
AF_2010	расположены рядом в геноме	гипотетический белок

Поскольку иинформации о функциях найденных белков немного, мне сложно сделать вывод о том, входят ли они в состав какого-то белкового комплекса. Статья, в которой упоминаются найденные белки, также ничего не говорит об их взаимодействиях. Если еще вспомнить, что в "моем" белке есть ДНК-связывающий домен, то его возможная активность в качестве регуляторного фактора мало сочетается с известной функцией найденного рядом в геноме белка и его ролью в биосинтезе гема. Далее, маловероятно, что ген "моего" белка образует оперон с рядом расположенными, найденными в базе STRING, так как гены AF_2009 и AF_2010 имеют обратное направление (что еще было отмечено в отчете первого семестра). При этом такое геномное окружение не встречается в других таксонах, как показано на рисунке 2. Полное изображение геномного окружения можно увидеть здесь.

Рис. 2. Геномное окружение белка AF_2008 (NP_070832.1) из археи Archaeoglobus fulgidus..

На рисунке 3 представлено дерево с совместной встречаемостью "моего" белка (первый стлбец) и найденных БД белков. Заметно, что "мой" белок и его гомологи встречаются не у всех организмов, и вряд ли можно сказать, что они образуют какой-то паттерн совместной встречаемости с другими белками, который например прослеживается у белков рубредоксинов (3 и 4 столюцы).

Рис. 3. Совместная встречаемость белка AF_2008 (NP_070832.1) из археи Archaeoglobus fulgidus и найденных БД STRING белков. Темный цвет квадратиков указывает на высокую консервативность последовательности белка, чем светлее, тем ниже уровень гомологии.