Поиск последовательностей Шайна-Дальгарно

Целью этого практикума был поиск последовательностей Шайна — Дальгарно — сайта связывания рибосом на молекуле мРНК прокариот - в геноме археи Archaeoglobus fulgidus DSM 4304.

Сначала по хромосомной таблице этой археи были определены координаты начала 100 достоверных генов и были вырезаны области [-35:0] этих генов из последовательности генома археи. Получившийся список можно увидеть здесь. Этот файл был подан программе MEME. В результате были найдены 3 возможных мотива (HTML-выдача программы MAST - здесь). Один из них показался мне наиболее достоверным: его E-value: 8.7e-023, он был найден в 65 последовательностях из 100, в его состав входит последовательность AGGAGG, которая является консенсусной последовательностью Шайна — Дальгарно, характерной для прокариот. Длина этого мотива составляет 14 нуклеотидов, его лого представлено на рисунке 1. Большинство найденных мотивов находятся на расстоянии 0-5 нуклеотидов от старта трансляции.

Рис. 1. Лого мотива Шайно-Дельгарно, полученное программой MEME.

HTML-выдача программы MAST - здесь. Было найдено 22 последовательности, содержащие достоверные совпадения с найденным мотивом.

Стоит заметить, что многие мРНК архей являются безлидерными, поэтому сложно верно оценить процент генов, имеющих данный мотив Шайно-Дельгарно.