Сигналы | Учебный сайт Валяевой Анны

Поиск регуляторных мотивов транскрипции в бактериальных последовательностях

В выданных бактериалных последовательностях (MEME03.txt) нужно было найти регуляторный мотив (набор сайтов связывания белка PurR) с помощью программы MEME и сравнить результаты предсказания с экспериментальными данными (experiment.txt).

Все 12 выданных последователностей длиной 100 нуклеотидов. С помощью программы MEME проводился поиск сайтов длиной ровно 16 нуклеотидов, по одному в каждой последовательности, с параметрами One per sequence и Zero or one per sequence, из найденных сайтов были отобраны с p-value меньше 10-4. Результаты работы представлены в файле. Cиним цветом выделены экспериментально установленные сайты, курсивом - сайты, найденные с помощью программы MEME с параметром One per sequence, жирным - сайты, найденные с помощью программы MEME с параметром Zero or one per sequence. Во всех последовательностях нашлись сайты связывания, они совпали с экспериментально предсказанными.