Описание сервиса PePPER

Обзор онлайн-сервиса PePPER выполнено Валяевой Анной и Яровенко Светланой.

Онлайн-сервис PePPER предоставляет возможность предсказания прокариотических промоторов, регулонов и TFBS. Этот сервис основан на базе данных регулонов, транскрипционных факторов и сайтов их связывания бактерии Lactococcus lactis.

Сам сайт выглядит довольно аскетично, поэтому вопросов о том, как заставить эту штуку работать не возникает. На вход программа принимает последовательность ДНК бактерии (как в формате fasta, так и просто последовательность), в которй требуется найти промотрные области. Минусом этого этапа является то, что нельзя загрузить последовательность из файла, приходится копировать ее и вставлять в специальное окошко. Дополнительно можно ограничить поиск промотрных участков только по межгенным областям, предоставив таблицу генов. В эту таблицу должно входить (как минимум) 4 столбца: название гена, координата его начала, конца и цепь (+ или -), разделенные 4-мя наками табуляции. Сгенерированную таким образом таблицу нужно скопировать во второе окошко.

Рис. 1. Окошки ввода исходных данных для поиска прокариотических промоторов сервисом PePPER.

Когда нужные окошки заполнены, можно запускать прграмму, нажав кнопку Start RUN.

Программа ищет характерные для областей прокариотических помоторов последовательности: последовательность Прибнова (the Pribnow box), располагающаяся на расстоянии -10 нуклеотидов от сайта страта транскрипции (TSS), и консервативная последовательность, отстоящая от TSS на -35 нуклеотидов. Сначала эти два мотива ищутся по отдельности, затем проверяется, длина промежутка между ними - должно быть от 16 до 18 нуклеотидов. Однако и предсказанные помотрные области, для которых нашелся только один из мотивов, выводятся в результаты. Для предсказания не используются данные об уже известных сайтах связывания сигма-факторов (как например из B. subtilis)

Результатом программы является таблица, в которой предоставлены последовательности предсказанных промоторных участков, их координаты начала и конца, длина, цепь, координаты сайта страта транскрипциии и score находки.

Рис. 2. Пример таблицы результатов предсказания прокариотических промоторов сервисом PePPER.