Построение поверхности

Для комплекса димера пуринового репрессора с ДНК 1JFT были построены изображения
поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером (рис. 1);
поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК (рис. 2);
поверхности контакта ДНК с димером белков (рис. 3).

Рис. 1. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером.

Рис. 2. Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК.

Рис. 3. Поверхность контакта ДНК с димером белков.

Далее с помощью сервиса CluD были найдены атомы, образующие гидрофобные кластеры. Атомы, входящие в состав гидрофобных ядер и расположенные в зонах контакта двух мономеров, показаны как красные области на синей поверхности контакта на рисунке 4.

Рис. 4. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером. Красным показаны атомы, входящие в состав гидрофобных ядер.