Учебный сайт Валяевой Анны
Структурная классификация
Сравним домены пуринового репрессора 1JFT, предлагаемые разными базами данных. Результат представлен в таблице 1.
Таблица 1. Сравнение доменов 1JFT.
БД | Количество доменов | Названия доменов | Границы доменов |
CATH | 3 | 1jftA01 1jftA02 1jftA03 | 3-59 60-161 163-291 |
ECOD | 3 | e1jftA4 e1jftA5 e1jftA3 | 2-57 58-159 160-341 |
Scop | 2 | d1jfta1 d1jfta2 | 2-58 59-341 |
Pfam | 2 | LacI Peripla_BP_3 | 3-48 170-331 |
Как видно из таблицы, базы данных разделяют белок либо на 2, либо на 3 домена. Причем ECOD, Pfam и CATH выделяют C- и N-концевые домены в примерно одинаковых границах, а CATH и ECOD выделяют еще один домен между ними. По классификации Scop два домена объединены в один большой С-концевой домен. Изображения доменов по БД CATH и Scop в структуре представлены на рисунках 1А и 1В, соответственно.

Рис. 1. Доменная организация белка 1JFT по данным CATH (A) и Scop (B). Красным, синим и ярко-розовым выделены домены.
Дата последнего обновления: 25.12.16
©Валяева Анна