Структурная классификация

Сравним домены пуринового репрессора 1JFT, предлагаемые разными базами данных. Результат представлен в таблице 1.

Таблица 1. Сравнение доменов 1JFT.

БД	Количество доменов	Названия доменов	Границы доменов
CATH	3	1jftA01 1jftA02 1jftA03	3-59 60-161 163-291
ECOD	3	e1jftA4 e1jftA5 e1jftA3	2-57 58-159 160-341
Scop	2	d1jfta1 d1jfta2	2-58 59-341
Pfam	2	LacI Peripla_BP_3	3-48 170-331

Как видно из таблицы, базы данных разделяют белок либо на 2, либо на 3 домена. Причем ECOD, Pfam и CATH выделяют C- и N-концевые домены в примерно одинаковых границах, а CATH и ECOD выделяют еще один домен между ними. По классификации Scop два домена объединены в один большой С-концевой домен. Изображения доменов по БД CATH и Scop в структуре представлены на рисунках 1А и 1В, соответственно.

Рис. 1. Доменная организация белка 1JFT по данным CATH (A) и Scop (B). Красным, синим и ярко-розовым выделены домены.