Поиск в PDB

Для поиска интересующих структур, удовлетворяющих нескольким параметрам, на сайте PDB можно использовать Advanced Search. Например, можно найти структуры, полученные с помощью метода РСА с разрешением 0-2 Å, имеющие симметрию D7 и имеющие не более 70% сходства между собой. В этом случае запрос выглядит так:

Finds PDB entries based on symmetry: Protein Symmetry is D7 and RMSD is between 0.0 and 4.0 and Resolution is between 0.0 and 2.0 and Representative Structures at 70% Sequence Identity

По данному запросу находится 5 структур.

Информацию о найденных по запросу структурах можно получить в виде таблицы с выбранными вручную колонками, используя Custom Report. Также можно скачать структуры, удовлетворяющие запросу, (например, в формате pdb) и их последовательности в формате fasta.

Структуры белков, удовлетворяющие запросу

Рис. 1. 5 структур белков, найденных по запросу.