Расчет вторичной структуры

Для расчета вторичных структур в полинуклеотидкиназе 4GP7 была запущена программа Stride. Результаты программы можно получить как в виде текстового файла, так и в виде интерактивной картинки (ее скриншот на рис.1).

Рис. 1. Вторичные структуры в белке 4GP7, рассчитанные программой Stride.

Программа Stride определила, что в структуре полинуклеотидкиназы есть α-сприрали, β-тяжи и сприрали 3-10. Сравним полученные результаты с информацией о вторичных структурах, которая содержится в pdb-файле. Для этого рассмотрим две спирали (под номерами 5 и 8) и два β-тяжа; они изображены цветом на рисунке 2.

Рис. 2. Сопоставление вторичных структур в белке 4GP7 из pdb-файла и рассчитанных программой Stride.

Розовым цветом показана α-спираль (№5), границы которой совпадают по данным из pdb-файла и результатам Stride. Вторая рассмотренная спираль (α-спираль по информации из pdb-файла) была разбита программой Stride на два участка: α (оранжевая спираль) и 3-10 (зеленая спираль).

Желтым цветом на рис. 2 изображены β-тяжи. Границы одного из рассмотренных β-тяжей (светло-желтый) полностью совпали по данным из pdb-файла и результатам Stride. Второй β-тяж, расположенный у N-конца белка, был урезан программой Stride - определенный как α-тяж участок цепи изображен лимонным цветом. Также программа определила поворот (изображен синим), включив в него концевой остаток предшествующего α-тяжа.

Границы рассмотренных элементов вторичной структуры представвлены в таблице 1.

Таблица 1. Сравнение границ четырех элементов вторичной структуры из pdb-файла и расчитанных программой Stride.

	Вторичная структура	Начало	Конец	Длина
PDB	α-спираль	Val53	Leu71	19
Stride	α-спираль	Val53	Leu71	19
PDB	α-спираль	Glu126	Ile141	16
Stride	α-спираль спираль 3-10	Glu127 Gln136	Gln135 Gly143	9 7
PDB	β-тяж	Val53	Leu71	19
Stride	β-тяж	Val53	Leu71	19