| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | Identity, % | Similarity, % | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | DEOD_ECOLI | DEOD_BACSU | 692.0 | 56.1 | 73.2 | 6 | 3 |
| Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | IMDH_ECOLI | IMDH_BACSU | 1348 | 55.1 | 70.7 | 8 | 5 |
| Flagellar biosynthetic protein FliQ | FLIQ_ECOLI | FLIQ_BACSU | 228 | 50.6 | 69.7 | 0 | 0 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | Identity, % | Similarity, % | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | DEOD_ECOLI | DEOD_BACSU | 698.0 | 58.5 | 76.0 | 1 | 1 | 95.8 | 97.9 |
| Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | IMDH_ECOLI | IMDH_BACSU | 1352.0 | 55.8 | 71.6 | 5 | 3 | 99.2 | 99.0 |
| Flagellar biosynthetic protein FliQ | FLIQ_ECOLI | FLIQ_BACSU | 228.0 | 50.6 | 69.7 | 0 | 0 | 100.0 | 100.0 |
Все три белка показывают достаточно высокую консервативность. Уровень идентичности не опускается ниже 50%, а уровень сходства ниже 70. Такие показатели подтверждают то, что эти белки гомологичны. Также результаты локального выравнивания показали почти такие же результаты, потому что покрытие выравниванием длины белков было достаточно большим. Из-за различной длины выравниваний, несмотря на схожие параметры идентичности и схожести.
| Alignment | Score | Identity, % | Similarity, % | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Global | 13.0 | 0.7 | 1.5 | 447 | 2 | 100.0 | 100.0 |
| Local | 33.0 | 31.7 | 48.8 | 7 | 3 | 13.0 | 20.4 |
Для выравнивания были выбраны белок E. coli Heat shock protein 33 (HSLO_ECOLI) и белок B. subtilisBifunctional muramidase/lytic transglycosylase CwlQ (CWLQ_BACSU). Как и глобальное, так и локальное выравнивание имеют достаточно низкий Score. В целом все параметры этих выравниваний достаточно стахастические. Белки различаются по длине примерно на 80 нуклеотидов, поэтому в выравнивании получилось достаточно много гэпов. Локальное выравнивание, покрывающее небольшие участки белков, указывает на похожий участок в 38 аминокислот.
Для осуществления выравнивания средствами Bash был произведен поиск белков с мнемоникой функций IMDH в базе данных Swiss-Prot. В ходе поиска было найдено 66 белков, среди них кроме IMDH_BACSU и IMDH_ECOLI были выбраны следующие белки: IMDH_LEPIN, IMDH_STAS1, IMDH_VIGUN, IMDH_MYCTO, IMDH_TOXGO. Затем для построения выравнивания был создан списочный файл imdh.txt, содержащий названия белков и использована команда seqret для получения последовательностей выбранных белков. На полученном файле была запущена программа emma -sequence imdh.fasta -outseq imdh_aligned.fasta. Итоговый файл с выравниванием был импортирован в Jalview(Файл с выравниванием)
Хотя таксономически данные бактерии разрознены, выравнивание показало, что белок проявляет достаточно большую консервативность (Столбцы с наибольшей консервативностью: 45-138, 169-192, 260-298, 320-363, 380-439) по всей длине, за исключением некоторых участков. Например, в белке IMDH_TOXGO из бактерии Toxoplasma gondi наблюдается вставка примерно в 50 аминокислот в 409 позициии, которой нет у других бактерий. Или же у Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) наблюдается вставка 35 а. о. в начале последовательности. Начиная с 490 позиции выравнивания наблюдается менее консервативный участок, соответствующий концу белковой последовательности. В целом можно сказать, что все эти белки гомологичны друг другу на оснавании большой схожести последовательностей.