A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1

При помощи пакета 3DNA и команды fiber были построены двухцепочечные молекулы ДНК разных форм: A-ДНК, B-ДНК, Z-ДНК. Для всех последовательностей был взят повторяющийся элемент GATC.

Задание 2

Для гуанина из структуры B-ДНК (PDB ID: 1BNA) были проанализированы атомы в большой и малой бороздках. В большой бороздке атомы: g5.c6, g5.o6, g5.c5, g5.n7, g5.c8, в малой бороздке атомы: g5.o1, g5.c2, g5.n1, g5.c3.

Атомы большой и малой бороздок
Рис. 1. Оранжевый(tv_orange) - атомы большой бороздки, зеленый(forest) - атомы малой бороздки.

Для сгенерированных молекул ДНК были рассчитаны основные параметры, которые представлены в Таблице 1.

Таблица 1. Свойства разных форм ДНК
Тип спирали Шаг спирали (Å) Число оснований на виток Ширина большой бороздки Ширина малой бороздки
A-ДНК Правая 30.9 11 11 (A:C4-B:G5) 15.1 (B:G5-A:G13)
B-ДНК Правая 36.7 10 17.3 (A:C3-B:T19) 9.8 (B:T20-A:C9)
Z-ДНК Левая 43.5 12 7.2 (B:G73-A:G13) 18.3 (A:C6-B:C72)

Задание 3

Мне была задана структура глутамил-тРНК синтетазы в комплексе с тРНК(Glu) и глутамол-AMP 1N78. Для анализа структуры тРНК был использован конвейер:

find_pair -t 1N78_old.pdb stdout | analyze

Среди файлов выдачи нас интересует 1N78_old.out. Из этого файла можно получить информацию о взаимодействиях между компонентами комплекса:

Номера нуклеотидов, образующих стебли: (1-7 и 66-72), (10-13 и 22-25), (22-32 и 38-44), (48-52 и 60-64).

Неканонические пары: 2G-U71, 08U-A46, 13U-G22, 14A-A21, 15G-C48, 38A-C32, 44A-G26, 54U-A58, 55U-G18.

Водородные связи, поддерживающие третичную структуру тРНК: 08U-A46, 55U-G18, 14A-A21, 15G-C48, 19G-C56.