Практикум 12
В этом практикуме были изучены эволюционные домены PFAM.
Домен
| Таблица | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| AC pfam | PF12906 | |
| ID pfam | RING-variant domain | Short name: RINGv |
| #SEED | 21 | |
| #All | 35 тыс. | |
| #SW | 59 | |
| #architectures | 427 | |
| #3D | 6 | |
| Taxonomy | ||
| #eukaryota | 35 тыс. | |
| #archaea | 0 | |
| #bacteria | 19 | |
| #viruses | 183 |
Для выполнения практикума был использован домен RING-variant. Он относиться к клану RING - семейству доменов, участвующих в убиквитинировании и белковых взаимодействиях (убиквитинирование — это ферментативная посттрансляционная модификация, заключающаяся в присоединении убиквитина к белковому субстрату). Домен RINGv содержит типичные цинк-координирующие аминокислотные остатки (Cys/His) в консервативном порядке. Также этот домен связывает два атома цинка в перекрёстной конфигурации, благодаря "cross-brace" структуре. RINGv-домен плохо изучен как самостоятельный домен, но при рассмотрении его как RING-домена, можно предположить, что его функцией является участие в убиквитин-протеосомной системе (выступает в качестве Е3 убиквитин-лигазы) и в белковых взаимодействиях.
Карта докального сходства (dotplot)
| Таблица | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Доменная архитпектура 1 | PF12906 - PF23113 | 3344 белка |
| Белок с архитектурой 1 | O60103 | ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase doa10 |
| Доменная архитпектура 2 | PF12906 - PF25417 - PF23113 | 576 белков |
| Белок с архитектурой 2 | Q7S1A4 | RING-type E3 ubiquitin transferase |
(горизонтальная прямая — Q7S1A4; вертикальная прямая — O60103)
E-value: 10e-26
На Рисунке 1 показано выравнивание домена PF12906 в начале обеих поледовательностей (по данным InterPro в белке 1 соответствует позициям 8-54, в 2 — 66-112), и домена PF23113 в конце последовательностей (1 — 1043-1215; 2 — 1541-1754), однако у Q7S1A4 видимо произошли вставокм или делеции. Такде в карте присутствует крупное выравнивание у 2 белка, начиная с 1060 и до 1500 аминокислоты, у 1 — с 600 по 1000, возможно, это является консервативным участком, отражающий эволюционное родство белков или же ещё не аннотированный домен.
У первой прямой (соответствующей домену PF12906) e-value выравнивания равно 1e-34, у второй прямой (крупное выравнивание и домен PF23113) e-value равно 4e-77, что указывает на высокое сходство последовательностей в этих участкаах.