Практикум 7

В работе могут присутствовать ошибки.

В этом практикуме была рассмотрена запись в базе UniProt, связанная с бактерией Vibrio panuliri.

Выбор белка

При выборе белка использовалась функция "UniProtKB advanced search options" (UniProtKB продвинутые варианты поиска). В поле Taxonomy [OC] был введён запрос — "Vibrio panuliri". Этот запрос соответствовал единственному виду (штаммы отсутствовали) с taxonomy_id: 1381081.

В полученном списке белков было 4,177 результатов. Аннотированные белки отсутствовали, поэтому выбор основывался на других параметрах. Например: оценка аннотации UniProtKB, количество аминокислот в белке.

Была выбрана киназа реакции на стресс А. Существование данного белка подтверждается гомологией.

ID: A0A1Q9HL01_9VIBR

AC: A0A1Q9HL01

Информация о белке

Название: серин/треониновая протеинкинтаза (Serine/threonine-protein kinase)

Ген кодирующий белок: srkA

Функция: фосфолирует остатки Ser и Thr. Скорее всего, участвует во внецитоплазматической реакции на стресс, подавляя последствия стресса, возникающие из-за накопления активных форм кислорода.

Кластеры похожих белков

UniRef100: 1 член, значит полные дубликаты отсутствуют. Это может означать, что протеинкиназа имеет строгую эволюционную селективность против изменений.

UniRef90: 9 членов, все из которых являются представителями рода Vibrio. Это может означать, что функция этого белка необходима для рода, так как его последовательность почти не меняется.

UniRef90: 5070 членов из разных таксонов. Это означает что данный белок древний и широко распространёный, скорее всего участвует в базовом клеточном процессе.

Поисковые запросы

1. (taxonomy_id:662) AND (protein_name:"Stress response kinase A"). Этот запрос позволил узнать, встречается ли киназы у видов из рода Vibrio. Всего результатов: 245. Это означает, что у рода Vibrio (где на данный момент более 110 видов) киназа реакции на стресс А является необходимым белком.

2. (protein_name:"Stress response kinase A") NOT (taxonomy_id:2). Этот запрос позволил узнать, встречается ли данная киназа не у бактерий. Всего результатов: 14, однако большинство — это неклассифицированные последовательности, и лишь 4 — Candidatus Heimdallarchaeota. Это означает, что киназа реакции на стресс А является специфичной для бактерий, а археи с этим белком либо имеют ошибку в аннотировании, либо получили этот белок от бактерий.

3. (taxonomy_id:1381081) AND (keyword:KW-0346). Этот запрос позволил узнать количество белков, которые связаны с реакцией бактерии Vibrio panuliri на стресс. Всего результатов: 13. (taxonomy_id:666) AND (keyword:KW-0346). Этот запрос позволил узнать количество белков, которые связаны с реакцией на стресс у бактерий Vibrio cholerae, как у типичного представителя рода Vibrio. Всего результатов: 174. Такие отличия у двух видов бактерий могут объясняться тем, что Vibrio panuliri хуже изучен или у Vibrio panuliri упрощённый механизм стресс-ответа, так как она живет в стабильных условиях (в организме лангуста).