Практикум 8

В работе могут присутствовать ошибки.

В этом практикуме был рассмотрен и изучен протеом бактерии, связанной с Vibrio panuliri, в базе данных UniProt Proteoms.

Поиск протеома, соответствующего геномной сборке

Необходимо было найти протеом бактерии, используя индификатор геномной сборки, используемой в мини-отчёте.

Идентификатор сборки RefSeq: GCF_009938205.1

Ссылка на страницу из базы NCBI Datasets Genome: Genome assembly ASM993820v1

Идентификатор последней версии сборки INSDC: GCA_009938205.1

Поисковый запрос по UniProt Proteomes: (genome_assembly:GCA_009938205.1)

Количество результатов: 0

К сожелению в базе Proteoms не было найдено протеомов соответствующих геномной сборке бактерии Vibrio panuliri

Поиск и скачивание референсного протеома

Поисковый запрос по UniProt Proteomes: (taxonomy_id:1381081) AND (proteome_type:1)

К сожелению в базе Proteoms не было найдено протеомов соответствующих бактерии Vibrio panuliri с референсным статусом.

Поисковый запрос по UniProt Proteomes: (taxonomy_id:662) AND (proteome_type:1)

Используя поиск по роду Vibrio было найдено 44 протеома с референсным статусом.

Был выбран протеом бактерии Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961), так как Vibrio cholerae является типовым видом в роде Vibrio и в базе находится полный геном.

Идентификатор протеома в базе Proteomes: UP000000584

Команда для скачивания протеома: curl 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000000584)' > UP000000584.swiss.gz

Оценка количества ферментов в протеоме

Конвейер bash: zcat UP000000584.swiss.gz |grep '^CC'| grep -E 'catalyze|CATALYTIC ACTIVITY|-----'|uniq|cut -c 6-|grep -c '^-*$'

Результат: 900

Поисковый запрос для поиска в UniProtKB: (proteome:UP000000584) AND (ec:*)

Результат: 954

Метод поиском в UniProt более точный, так как EC nunber является маркером ферментативной активности. Метод с конвейером bash менее надёжный метод, так как зависит от формата аннотации (в каком поле и какими словами описывается фермент).

Анализ протеома консольными средствами

Было решено проверить устойчивость бактерии Vibrio cholerae к антибиотикам и стрессовым условиям, с помощью белков семейства Usp (Universal Stress Protein).

Конвейер bash: zcat UP000000584.swiss.gz |grep '^DR Pfam'|grep 'PF00582'

Результат:
DR Pfam; PF00582; Usp; 2.
DR Pfam; PF00582; Usp; 2.
DR Pfam; PF00582; Usp; 1.
DR Pfam; PF00582; Usp; 1.

У бактерии было найдено 2 белка типа Usp-1, помогающие бактериям пережидать неблагоприятные условия (например голодание), и 2 белка типа Usp-2, которые чаще всего связанны с активным выбросом токсинов и антибиотиков из клетки. В норме у неопасных бактерий всего два Usp-белка, из чего можно сделать вывод о том, что Vibrio cholerae обладает усилинными механизмами устойчивости к антибиотикам,что делает её патогеннной.