Практикум 3

В этом практикуме был проведён сравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

Рисунок 1. Построенная с помощью програмvы fiber B-дуплекса ДНК
Ссылка на файл gatc-b.pdb
Рисунок 2. Построенная с помощью програмvы fiber A-дуплекса ДНК
Ссылка на файл gatc-a.pdb
Рисунок 3. Построенная с помощью програмvы fiber Z-дуплекса ДНК
Ссылка на файл gatc-z.pdb

Задание 2

Как видно на рисунках 4-5, сгенерированные дуплексы ровнее, чем экспериментальные. Это объсняется тем что в реальность ДНК не идеальна.

Рисунок 4. Сравнение сгенирированного B-дуплекса ДНК с экспериментальным
Рисунок 7. Малая и большая бороздка на В-дублексе ДНК

Для заданного основания цитозина определили и окрасили атомы смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой (смотри Рисунок 8).

Рисунок 8. Окрашеные атомы цитозина в зависимость от того, куда смотрит атом
Рисунок 5. Сравнение сгенирированного A-дуплекса ДНК с экспериментальным
Рисунок 6. Сравнение сгенирированного Z-дуплекса ДНК с экспериментальным
Таблица 1. Структура ДНК
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
Шаг спирали (Å) 28,0 33,8 42.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки (Å) 17.0 (цепь А: A14 - цепь B: A30) 17.3 (цепь А: C3 - цепь B: T17) 18.3 (цепь А: G9 - цепь B: C36)
Ширина малой бороздки (Å) 8.0 (цепь А: G9 - цепь B: C36) 11.7 (цепь А: G9 - цепь B: C36) 9.6 (цепь А: G7 - цепь B: G19)

Задание 3

Для анализа была выбрана 1f7v структура.

В результате выполнения конвеера: "find_pair -t 1f7v_old.pdb stdout | analyze", были получены файлы, основной из них 1f7v_old.out

Упр.2.
Стебли во вторичной структуре тРНК: (901-907 и 972-966), (949-953 и 965-961), (939-944 и 931-926), (910-913 и 925-922).

Неканонические пары оснований: P901-**--A972, U905-*---G968, t954-**--a958, P955-**+-G917, A943-**--P927, A944-*---g926, C913-**--C922, A914-**--U908, A915-**+-U948

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: G953-C961, t952-a958, P955-G917, A914-U908, A915-U948, G918-C956