Практикум 4
В этом практикуме был проведён сравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1
В этом практикуме были рассмотрены способы предсказания вторичной структуры тРНК и проанализированы втроричные структуры НК-белкового комплекса.
С помощью программы einverted (! einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 15 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout) был получен Результат 1. При изменении параметров на ! einverted -sequence rna.seq -gap 15 -threshold 8 -match 3 -mismatch -2 -outfile outfile -outseq seqout был получен Результ 2.
По Результату 1 можно точно определить акцепторный стебель. По результату 2, сравнивая с результатами find_pair, можно предположить что так команда определила антикодоновой стебель, добавивь к нему часть D-стебля и T-стебля (предположу, что антикодоновый стебель начинается с 36 нуклеотида)
Также был применён алгоритм Зукера, предсказание было проведено при помощи RNAfold.
Результат 1
: Score 15: 6/7 ( 85%) matches, 0 gaps
1 ttcctcg 7
|||| ||
72 aaggggc 66
Результат 2
: Score 15: 6/7 ( 85%) matches, 0 gaps
: Score 20: 12/20 ( 60%) matches, 0 gaps
25 cgtctggctgcgaaccagaa 44
|| | || ||||| | |
67 gcggtcctgaacttggacct 48
Рисунок 1. Вторичная структура тРНК по алгоритму Зукера.
| Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | (901-907) и (972-966) | (901-907) и (972-966) | (901-906) и (972-967) |
| D-стебель | (910-913) и (925-922) | (...-...) и (...-...) | (907-912) и (922-917) |
| T-стебель | (949-953) и (965-961) | (...-...) и (...-...) | (949-953) и (965-961) |
| Антикодоновый стебель | (939-944) и (931-926) | (936-944) и (956-948) | (927-931) и (943-939) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 18 | 13 | 22 |
Вывод: все алгоритмы почти одинакого определяют акцепторный стебель, а также алгоритм Зукера и команда find_pair одинакого определили T-стебель.Антикодоновый стебель значительно отличается у алгоритма Зукера и двух других програм, у которых есть схожий участок (однако нельзя забывать, что в einverted было сделанно допущение). В D-стебле у алгоритма Зукера и find_pair есть часть схожей части, но вторая различна.
Таким образом я считаю, что einverted не подходит для определения вторичной структуры, а find_pair и алгоритм Зукера можут использоваться оба для получения более достоверного результата, но алгоритм является точнее.