Практикум 9. Выравнивание последовательностей

1 Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Acetate kinase ACKA_ECOLI ACKA_BACSU 821.0 43.0 63.6 23 11
Acylphosphatase ACYP_ECOLI ACYP_BACSU 141.5 32.4 45.4 33 3
Adenine deaminase ADEC_ECOLI ACYP_BACSU 853.5 34.7 52.8 39 13

2 Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 1. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels % Coverage 1 % Coverage 2
Acetate kinase ACKA_ECOLI ACKA_BACSU 823.5 43.3 64.2 21 10 98.3 98.7
Acylphosphatase ACYP_ECOLI ACYP_BACSU 150.0 42.9 59.7 5 1 78.3 84.6
Adenine deaminase ADEC_ECOLI ACYP_BACSU 858.5 36.3 54.9 25 11 94.6 96.9

3 Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Таблица 1. Характеристики глобального и локального парного выравнивания одной пары негомологичных белков
Alignment Type ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels % Coverage 1 % Coverage 2
Global ACKA_ECOLI ACYP_BACSU 19.5 4.8 8.9 337 7 - -
Local ACKA_ECOLI ACYP_BACSU 33.0 42.9 64.3 0 0 3.5 15.4

По результатам локального выравнивания может показаться, что эти белки гомологичны. Однако процент покрытия выравнивания маленький, поэтому нельзя утверждать, что белки гомологичны.

4 Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для множественного выравнивания я выбрал белок Acetate kinase с мнемоникой "ACKA". В Swiss-prot организмов с этим белком нашлось 374.

5 оргпнизмов, содержащих белок с мнемоникой "ACKA":

  • SALTY (Salmonella typhimurium)
  • METTE (Methanosarcina thermophila)
  • THEMA (Thermotoga maritima)
  • CORGL (Corynebacterium glutamicum)
  • CLOAB (Clostridium acetobutylicum)

    • Следуя указаниям в задании, я получил выравнивание: Выравнивание в Jalview

    Все белки довольно хорошо выровнилсь. Нашлось очень много сходных участков: 7-17; 35-38; 54-56; 95-105; и много других. Консервативные участки равномерно встречались на протяжении всей последовательности. Судя по такому большому колличеству сходных участков, думаю, можно говорить о гомологичности данных белков.