В данном практикуме я взял два организма рода Acidithiobacillus: Acidithiobacillus ferriphilus, Acidithiobacillus ferrivorans. Acidithiobacillus включает ацидофильных облигатных автотрофов, которые используют элементарную серу, тетратионат и двухвалентное железо в качестве доноров электронов.
Далее я последовательности хромосом дал на вход алгоритмам blastn и megablast на сайте NCBI, установив параметры по умолчанию. Результатом стали следующие карты локального сходства.
Последовательности выравнились хорошо практически по всей длине.На хорошо выровненной области имеется ряд инверсий и транслокаций. Видно, что экспериментаторы взяли разные точки начала секвенирования геномов. Карта, полученная в результате работы megablast, имеет меньше "грязи", поскольку по умолчанию в этом алгоритме используется большая длина слова.
Судя по выравниванию, A. ferriphilus и A. ferrivorans довольно близкие виды, но за время их раздельной эволюции произошло немало мутаций.