В даном задании я рассмотрел цитозин в B-форме ДНК 1bna. Красным цветом обазначены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
В сторону большой бороздки смотрят атомы [DС]3:A.C4, [DС]3:A.C5, [DС]3:A.N4.
В сторону малой бороздки смотрят атомы [DС]3:A.C2, [DС]3:A.N3, [DС]3:A.О2.
Далее я сделал таблицу с данными о структурах из задания 1
| A-форма | В-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 7,98; [DA]10:A.P-[DG]25:B.P |
17,21; [DA]10:A.P-[DC]28:B.P |
7,20; [DG]7:A.P-[DG]17:B.P |
| Ширина малой бороздки (Å) | 16,81; [DA]10:A.P-[DG]33:B.P |
11,69; [DA]10:A.P-[DT]35:B.P |
18,30; [DC]2:A.P-[DC]16:B.P |
Координаты стеблей тРНК 1qrt: