Практикум 4

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

С помощью программы einverted EMBOSS я получил предсказания инвертированных участков в нуклеотидной последовательности исследуемой тРНК(1qrt).

Я использовал следующие команды:

1) einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout

2) einverted -sequence rna.seq -gap 0 -threshold 0 -match 2 -mismatch -0 -outfile outfile1 -outseq seqout1

Ошибка!!! — **Рис. 1.** Результат 1 кода

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	2-7, 71-66; 6 п.о.	1-7, 65-77	7 пар (добавилась первая пара, которой не было в find pair
D-стебель	10-12, 25-23; 3 п.о.	Нет предсказания	3 пары
T-стебель	49-53, 65-61; 5 п.о.	Нет предсказания	5 пар
Антикодоновый стебель	26-33, 44-37; 8 п.о.	26-33, 35-43;	5 пар.
Общее число канонических пар нуклеотидов в стеблях	22	15	20

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр. 1

Ссылки на скрипты:

Скрипт 1 Скрипт 2

Упр. 2

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	4	89	93
остатками фосфорной кислоты	74	266	340
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	59	59
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Можно заметить преобладающее количество неполярных взаимодействий. Взамодействие с белком происходит за счет неполярных взаимдействийя, в большинстве случаев со стороны большой бороздки.

Упр. 3

Популярная схема ДНК-белковых контактов

Упр. 4

Рис. 3 Аминокислота с наибольшим числом контактов с ДНК

По моему мнению, наиболее выжным аминокислотным остатком для распознавания ДНК - Phe162(I). Поскольку только он взаимодействует с азотистым основанием.