Практикум 7

Задание 1

1) Для описания генома я выбрал серую крысу (Rattus norvegicus). Этот вид имеет 21 пару хромосом, а в сборке обнаружено 20 аутосом, две половые и одна митохондриальная.

2) В качестве запроса я просто ввел латинское название вида. По запросу было найдено 13 сборок.

3) Я выбрал сборку GCA_015227675.2. Она имеет хромосомный уровень сборки — последовательность одной или несольких хромосом, также в ней могут присутствовать гэпы.

4) Данная сборка является референсной, то есть она была выбрана вручную как самая качественная.

N50: Длина контига (скэффолда), для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах (скэффолдах) такой и большей длины.

L50: Наименьшее число контигов (скэффолда), в которых содержится половина всех нуклеотидов сборки.

Задание 3