Практикум 11.Алгоритмы выравнивания. Программы.
Задание 1
Для создания таблицы в качестве гомологичных белков из протеомов штамма К12 кишечной палочкии и протеома штамма 168 сенной палочки были выбраны с мнемоникой ACCA, ALLB, BACSU, COAA, COAD, CYSK, DAPA.
Участки последовательностей с наибольшим количеством абсолютно консерватифных позиций и без гепов будут являться наиболее родственными. В этой части белка не происходило изменений.
Со снижение процента консервативных колонок и увеличением гепов и инделей уменьшается возможность родственности этих белков, что как раз можно проследить в таблице, представленой ниже.
Задание 2.1
Во втором задании для множественного выравнивания мною была выбрана мнемоника GREA. В таблице есть предсатвители, к примеру, стафилоккоков, кластридий.
Задание 2.2
Я выбрала 2 самые удаленные последовательности из множественного выравнивани, это GREA_CLONN и GREA_XYLFA. Я решила сравнить локальное(сверху) и множественное(снизу) выравнивания, и обнаружила некоторые отличия:
- Сверху в локальном выравнивании в позиции 80 в верхнем ряду стоит гэп(делеция), а во множественном выравнии в той же позиции(по координатам 88 верхняя строка) стоит аминокислота аденин.
- В локальном выравнивании в позиции 77 стоит лейцин, а во множественном гэп(делеция).
- Во множественном выравнивании в позиции 87 стоит аспарагиновая кислота, в локальном в той же позиции аденин.
Так как в локальном выравнивании было взято всего две последовательности, по сравнению с множественным, вполне вероятны изменения локализации аминокислот.Это и отражено на рисунке.