В окно вводится AC нужной последовательности или собственно сама последовательность, есть возможность указать координаты или добавить 2 и более последоватеельности. |
Здесь происходит выбор банка последовательностей, в которых будет осуществлен дальнейший поиск, к примеру есть банки: swissprot, pdb и др.
Также в поле Organism можно выбрать таксон, в котором будет найден гомолог(и). |
Параметр, определяющий количество выданных результатов, максимальное возможное число 20000. |
Ожидаемое количество случайных находок с таким же и лучшим весом
(в той же базу данных, с запросом той же длины и состава, с теми же параметрами на вычисление веса выравнивания).
Чем меньше этот параметр, тем выше значимость находки. |
Длина слова, на которую разобьет последовательность программа для составления Хеш-таблицы и поиска гомологов.Доступны длины, равные 2, 3, 6. |
ограничивает число находок BLAST в одной последовательности из банка; 0 - ограничений нет. |
Матрица весов замен. |
Штрафы за открытие Инделя, за каждый следующий символ гэпа |
Борьба с участками малой сложности. |