Практикум 13.Блоки в множественном выравнивании.
В таблице с нашими белками я взяла резервный белок AAC66829.1. С помощью Pham нашла домен NDK (PF00334). Далее я скачала последовательности, содержащие данный домен.
В Jalview были отобраны по критериям сайта более всего подходящие последовательности.Были удалены последовательности с протяженными вставками и колонки из одних гэпов. В выравнивании осталось 7 последовательностей. Далее я осуществила поиск консервативных блоков, всего нашла 5:
1 Блок
Консервативны 78% участка
2 Блок
Консервативны 70% участка
3 Блок
Консервативны 67% участка
4 Блок
Консервативны 78% участка
5 Блок
Консервативны 86% участка
Все блоки подходят по криерию: больше 50 % консервативно, блок занимает более 6-ти позиций, гэпы отсутствуют.
Растояние между блоками небольшие: 4-5 позиций. Это свидетельствует о том, что данные последовательности гомологичны.