Практикум 7: EMBOSS и протеомы

Для выполнения данного практикума я скачала из Uniprot протеомы Escherichia coli str. K12 и Oligotropha carboxidovorans OM5. С помощью grep с опцией -c было найдено количество последовательностей в протеомах. Программа wordcount с опциями -wordsize и -outfile помогла при подсчете аминокислот.Чтобы посчитать общее количество аминокислот, я воспользовалась скриптом(ссылка приведена в конце странице).


Таблица 1
Организмы Идентификаторы протеомов Количество последовательностей Количество аминокислот
Escherichia coli str. K12 UP000000625 4352 1353357
Oligotropha carboxidovorans OM5 UP000007730 3624 1130278

Данная таблица показывает процент содержания остатков аминокислот в каждом из приведенных протеомов. Помимо 20 стандартных аминокислотных остатков здесь можно найти селеноцестеин,который похож на цистеин и отличается заменой атома серы на атом селена.

Таблица 2
Остаток % остатка в Oligotropha carboxidovorans OM5 % в протеоме E. coli str. K12 Разность процентов
A 12.36 9.5 2.85
L 9.8 10.67 -0.86
G 8.13 7.36 0.77
V 7.45 7.07 0.37
R 7.1 5.52 1.58
S 5.6 5.79 -0.19
D 5.57 5.14 0.43
E 5.51 5.76 -0.25
T 5.51 5.39 0.12
I 5.47 6.01 -0.54
P 5.22 4.42 0.79
K 3.76 4.4 -0.64
F 3.7 3.89 -0.18
Q 3.13 4.44 -1.31
N 2.78 3.93 -1.15
M 2.43 2.82 -0.38
Y 2.22 2.84 -0.61
H 2.06 2.26 -0.19
W 1.28 1.53 -0.25
C 0.83 1.16 -0.32
U 0.0 0.0 0.0

Самые частые аминокислотные остатки в протеоме Oligotropha carboxidovorans OM5 A, L, G. В протеоме E. coli str. K12 наиболее часты те же аминокислотные остатки. Наибольшая разность в пользу Oligotropha carboxidovorans OM5 у аминокислоты A, а в пользу E. coli str. K12 у Q. В ходе выполнения практикума я частично освоила Emboss,применила некоторые программы в работе и лучше изучила свою бактерию.