A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

Задание 1

С помощью программы fiber были получены структуры A-, B- и Z-форм ДНК.

Задание 2

Сравнение структур трёх форм ДНК с помощью средств JMol

C помощью программы JMol мною были визуально определены большая и малая бороздки, затем с помощью программы ACD/ChemSketch было получено изображение одного из азотистых оснований (цитозина 9:A) в экспериментальной В-форме ДНК (1bna). Красным цветом на изображении выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а синим – в сторону малой.

Oops

В сторону большой бороздки обращены атомы с9.n4, c4, c5, c6.
В сторону малой бороздки обращены атомы c9.n1, o2, n3.

Таблица 1. Сравнение структур различных форм ДНК
	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	правая	правая	левая
Шаг спирали, Å	28,03	33,75	42,34
Число оснований на виток	11 пар	10 пар	12 пар
Ширина большой бороздки, Å	7,98 [DC]4:A.P #64 - [DT]31:B.P #618	17,21 [DC]8:A.P #146 - [DA]30:B.P #597	7,20 [DG]9:A.P #165 - [DG]35:B.P
Ширина малой бороздки, Å	16,81 [DT]11:A.P #208 - [DC]32:B.P #638	11,69 [DA]34:B.P #679 - [DT]11:A.P	18,30 [DC]12:A.P #228 - [DC]26:B.P

Задание 3

Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Для анализа структур нуклеиновых кислот будем использовать программы find_pair и analyze. Выданная мне структура имеет идентификатор PDB 1F7U. В файле 1F7U_old.out содержится информация о величине торсионных углов. В таблице ниже приедены средние значения торсионных углов для данной т-РНК, а также для А- и В-форм ДНК.

Таблица 2.
	alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
1F7U	-39,58	44,15	51,65	90,37	-144,40	-49,29	-155,665
А-форма ДНК	62	173	52	88/3	178	-50	-160
B-форма ДНК	63	171	54	123/131	155	-90	-117

Таким образом, Т-Рнк ближе всего по структуре к A-форме ДНК.