GO - String.

Gene Ontology.

• 17ID, в списке их было ровно 21.
• В анализе обогащения принимали учавстия все ID(21).Из-за несоответствия баз данных 2м ID соответствовало несколько объектов.
• В выдаче было 251 GO terms, так как был установлен пределенный порог p_value,не все GO terms его прошли и соответственно попали в выдачу.
• Десять самых значимых GO terms
• Граф


• Узлы в основном соеденины ребрами "is a", есть одно ребро "Regulates" и одно "Part of". Все 5 находок связаны и имеют отношение к ремоделирующим белковым комплексам или в регуляции липопротеинов.
• Еще пройтись по графу сферху вниз, то можно выяснить, что все ID относятся к клеточным процессам, это все клеточныйе компоненты.Часть из них участвует и в биологических процессах.

  String.

• Graph


• Для большинства объектов есть данные о 3d структура, из 18 штук, соответственно, о 3d структурах 3х узлов неизвестно.
• Есть категории:from curated databases,experimentally determined,gene neighborhood,gene fusions,gene co-occurrence,textmining,co-expression,protein homology. Из этих типов взаимодействия на графе не представлены только gene neighborhood и gene fusions.Есть ребра, которые содержит только информацию о text minig, а есть те, что содержат по 7 видов взаимосвязей.
• Граф


• Судя по графику чаще всего в различных организмах встречаются белки TXN и TXN2.Представленность остальных вариарована, но можно обратить внимание на редко встречающиеся белки:APOA1,APOE,ALB,ACER1,FGA.Порядка 6 белков встречаются только у Opisthokonta.Собственно в данном таксоне ID наиболее консервативны, судя по выдаче.
• Граф
• Генная коэкспрессия


• Мы видим,что коэкспрессия генов выражена больше у человека, чем у других организмов. Наиболее выражена она у таких белков, как APOA1 и APOC3,F2 и APOC3,APOE и APOC1 и т.д. У других организмов коэкспрессия белков менее выражена, это, например, пары:APOA1 и APOC2 и PLG и FGA.