Нуклеотидные банки данных

Задание 1. Описание сборки генома эукариотического организма

Задание 2. Поиск последовательности CDS прокариотического вируса

Задание 3. Ключи таблицы локальных особенностей.

• regulatory

  - описание структуры участка последовательности, регулирующего процессы транскрипции, трансляции, репликации, а также укладку хроматина. В пример приведен участок типа riboswitch, который представляет собой участок мРНК, отвечающий за связывание малых молекул, влияющих на синтез закодированных в ней белков. Пример взят из описания генома Lactococcus lactis NZ_CP065737



regulatory	complement(35370..35467)
	/regulatory_class="riboswitch"
	/inference="COORDINATES: nucleotide
	motif:Rfam:12.0:RF00167"
	/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
	/note="purine riboswitch; Derived by automated
	computational analysis using gene prediction method:
	cmsearch."
	/bound_moiety="guanine and/or adenine"
	/db_xref="RFAM:RF00167"




• tmRNA

  - транспортно-матричная РНК - молекула РНК, которая сначала выполняет функцию транспортной, а затем матричной, кодирующей белковую метку. В процессе трансляции матричного участка tmRNA пептидная метка присоединяется рибосомой к С-концу синтезируемого белка, и таким образом помечается белок, который должен быть расщеплен. Пример взят из того же генома Lactococcus lactis.



tmRNA	complement(158437..158795)
	/gene="ssrA"
	/locus_tag="I6G22_RS01200"
	/old_locus_tag="I6G22_01200"
	/product="transfer-messenger RNA"
	/inference="COORDINATES: nucleotide
	motif:Rfam:12.0:RF00023"
	/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
	/note="Derived by automated computational analysis using
	gene prediction method: cmsearch."
	/db_xref="RFAM:RF00023"




• ncRNA

  - некодирующая РНК, не транслируемая в белок и отличная от транспортной и рибосомальной. В приведенном примере представлено описание участка, кодирующего lncRNA - длинную некодирующую РНК. Функцией длинной некодирующей РНК может быть регуляция трансляции и посттрансляционных модификаций, транскрипции, клеточной дифференцировки и эпигенетических процессов, экспрессии генов и клеточного цикла. Некоторые из них могут функционировать как онкогены или опухолевые супрессоры, влияют на развитие нейродегенеративных заболеваний и играют роль в формировании иммунного ответа. Примеры в этом пункте и далее взяты из генома Homo sapiens NC_000006



ncRNA	complement(join(109026..109280,110779..111100))
	/ncRNA_class="lncRNA"
	/gene="LOC107986552"
	/product="uncharacterized LOC107986552"
	/note="Derived by automated computational analysis using
	gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence
	includes similarity to: 100% coverage of the annotated
	genomic feature by RNAseq alignments, including 11 samples
	with support for all annotated introns"
	/transcript_id="XR_001743907.1"
	/db_xref="GeneID:107986552"




• sig_peptide

  - участок, кодирующий сигнальный пептид, который обеспечивает котрансляционный или посттрансляционный транспорт белка в определенную органеллу.



sig_peptide	join(3118741..3118847,3123657..3123660)
	/gene="BPHL"
	/gene_synonym="BPH-RP; MCNAA; VACVASE"
	/note="/evidence=ECO:0000269|PubMed:12732646; propagated
	from UniProtKB/Swiss-Prot (Q86WA6.1)"




• mat_peptide

  - последовательность зрелого белка, прошедшего посттрансляционную модификацию, не включающая стоп-кодон, в отличие от CDS.



mat_peptide	join(3123661..3123760,3127242..3127408,3129045..3129198,
	3137362..3137493,3140386..3140509,3152488..3152572)
	/gene="BPHL"
	/gene_synonym="BPH-RP; MCNAA; VACVASE"
	/product="Valacyclovir hydrolase. /id=PRO_0000017841"
	/note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (Q86WA6.1)"