Программа FastME была запущена следующей командой:
fastme -i alignment.cgi -p
Опции программы: i - входной файл с выравниванием в формате phylip (для перевода выравнивания в формате fasta в phylip был использован онлайн-сервис, полученный файл можно посмотреть по ссылке);
p - идентификатор того, что выравнивание содержит последовательности белков

Полученные с помощью двух программ скобочные формулы имеют следующий вид:
FastME: ((((BIFLO,(STRAW,(CLAMS,LEIXX))),CORDI),MYCVP),MYCLE,MYCTU);
Minimum evolution: ((((MYCLE,MYCTU),MYCVP),CORDI),(STRAW,(LEIXX,CLAMS)),BIFLO);

Визуально деревья разные, но если обратить внимание на набор нетривиальных ветвей, становится понятно, что они отличаются только укоренением.

Для наглядности набор нетривиальных ветвей:
{CLAMS, LEIXX} против {STRAW, BIFLO, CORDI, MYCVP, MYCLE, MYCTU}
{CLAMS, LEIXX, STRAW} против {BIFLO, CORDI, MYCVP, MYCLE, MYCTU}
{CLAMS, LEIXX, STRAW, BIFLO} против {CORDI, MYCVP, MYCLE, MYCTU}
{CLAMS, LEIXX, STRAW, BIFLO, CORDI} против {MYCVP, MYCLE, MYCTU}
{CLAMS, LEIXX, STRAW, BIFLO, CORDI, MYCVP} против {MYCLE, MYCTU}