Определение паралогов и ортологов в семействе глобинов

На данном филогенетическом дереве можно выделить группы ортологов (последовательности из разных геномов, имеющих общего предка), обведённых в красный, синий, голубой и зелёный кружки. Все белки, которые находятся с разных сторон от группы, обведённой красным цветом, и относящиеся к одному геному скорее всего являются паралогами. При этом: а) Обозначенные светло-зелёным цветом Chicken являются паралогами, при этом сложно говорить об этом точно в случае Chicken из группы В и С. Причина: малые длины внутренних ветвей, разделяющих В и С. б) Аналогичной представляется ситуация в случае представителей таксона Horse (группы В, С, D), обозначенного оранжевым. в) В случае Human (обозначены тёмно-зелёным) белок из группы D является паралогом по отношению ко всем остальным белкам Human дерева. Отношения между представителями из групп В и С опять же неизвестны. г) Danio rerio (обозначены серым цветом) - однозначно являются паралогами. д) Xenopus (обозначены фиолетовым цветом) - также паралоги.

Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов

Приведена часть филогенетического дерева глутаминсинтетаз (все белки - ортологи). На этом дереве последовательности из архей обозначены фиолетовым, последовательности из бактерий - красным. Ветви, на которых расположены археи показаны фиолетовым цветом, зеленым - фирмикуты, жёлтым - термотоги, синим - гамма-протеобактерии. Данное дерево лишь частично соответствует таксономическому дереву организмов, так как дерево лишь визуализирует эволюционное расстояние между последовательностями белков, а они могли эволюционировать в разных организмах по-разному (независимая эволюция). Причиной такого, на первый взгляд, "разброса" связана с тем, что в геномах архей и бактерий могли происходить трансдукции, трансформации и другие виды горизонтального переноса (при участии бактериофагов и др. способом). При этом получается, что в геноме организма оказываются чужеродные гены,последовательности которых которые могут оказаться на этом дереве.

НА ГЛАВНУЮ