Фрагмент вторичной структуры
Работа с программой RasMol
Исследовался фрагмент аминокислотной последовательности с 434 по 446 аминокислотный остаток цепи А. Структура исследуемого фрагмента- альфа-спираль.
Описание паттерна Н-связей:
Жёлтыми линиями обозначены водородные связи. Остатки с 434 по 446 цепи А из атомов С-бета образуют альфа-спираль(правозакрученную), и паттерн образования водородных связей выглядит в виде Н (i=>i+4). Водородные связи почти параллельны оси симметрии.
Описание расположения С-бета атомов относительно оси симметрии альфа-спирали:
Они находятся на периферии ("наружу") относительно альфа-спирали (то есть " не заходя внутрь спирали").
Иными словами,атомы С-бета располагаются вне альфа-спирали
( если С-альфа расположены в цилиндрической поверхности спирали,
то атомы С-бета выходят из неё под углом почти 90°).
Если представить альфа-спираль как цилиндр, его ось как вектор от N до C-конца
то атомы С-бета будут ориентированы симметрично относительно этого вектора,
то есть если провести плоскость, проходящую через вектор, то в неё попадут атомы С-бета.

НА ГЛАВНУЮ