Доменная структура белка бета-галактозидаза

Работа с базой данных белковых доменов
База данных PFAM включает 7426 записей с краткой характеристикой разных
семейств белковых доменов, включая их множественные выравнивания.
Каждый домен в PFAM описан с помощью профиля HMM.

 Краткое описание свойств семейства о-гликозид-гидролаз
О-гликозид-гидролазы (EC 3.2.1.-) являются широко распространённой группой ферментов,
которые гидролизуют гликозидную связь между двумя и более углеводами, или между
углеводом и не углеводным компонентом. Система классификации гликозид-гидролаз,
основанная на сходстве последовательностей, привела к выделению 85 различных семейств.
Из-за того что пространственная структура белков более консервативна, чем их последовательности,
некоторые из семейств могут быть сформированы в «кланы».

Гликозид-гидролазы семейства 2 CAZY:GH_2 включают в себя ферменты с известными функциями:
бета-галактозидаза, бета-маннозидаза, бета-глюкаронидаза.
Эти ферменты содержат консервативный аминокислотный остаток-глютаминовая кислота,
в белке lacZ кишечной палочки (главный кислотно-основный катализатор) в активном центре фермента.

Согласно базе данных PFAM в белке BGAL_ECOLI существует 5 доменов.

Изображение доменной структуры BGAL_Ecoli:


  1. а) Glyco_hydro_2_N
    б) 48-218
    в) PF02837
    г) Этот связывающийся с сахаром домен имеет пространственную структуру jelly-roll.
  2. а) Glyco_hydro_2
    б) 220-333
    в) PF00703
    г) Похожий на иммуноглобулиновый beta -sandwich домен
  3. а)Glyco_hydro_2_C
    б)335-629
    в)PF02836
    г) Похожее на TIM-barrel ядро, окружённое четырьмя другими большими бета-доменами.
  4. а) Bgal_small_N
    б)735-919
    в)PF02929
    г) Этот домен обнаружен в N- конце малой цепи димерных -галактозидаз, так же часто, как и в одноцепочечной - галактозидазе.
  5. а) Bgal_small_C
    б)929-1020
    в)PF02930
    г) Этот домен обнаружен в С- конце малой цепи димерных бета-галактозидаз, так же часто, как и в одноцепочечной бета- галактозидазе.
Наложение доменной структуры на пространственную структуру белка.

  1. Зелёным цветом отмечен домен Glyco_hydro_2_N
  2. Красным- Glyco_hydro_2
  3. Жёлтым- Glyco_hydro_2_C
  4. Фиолетовым- Bgal_small_N
  5. Голубым- Bgal_small_C
(В белке BGAL_ECOLI каждый из доменов представлен дважды, так как белок состоит из 4 цепей).

НА ГЛАВНУЮ