Страница находится в стадии разработки
Белок был получен из бактерии Aquifex aeolicus (strain VF5) и относится к прокариотическим рибонуклеазам - белкам, разрезающим РНК и учавствующим в образовании и расщеплении рРНК. Оптимальная температура для работы фермента - 70-80°C. Также для эффективного катализа необходимы катионы двухвалентных металлов, таких как Mg2+ или Mn2+.
Структура известна для всего белка. Он состоит из 2х цепей и лучше всего представлен в 1I4S. Но при этом по 1RC7 можно судить о его функции, т.к. в этом PDB файле находится сам белок и РНК, которую он разрезает.
| UniProtKB | Swith-Prot | |
| UniProt ID | RNC_AQUAE | |
| UniProt AC | O67082 | |
| EMBL | AE000657 | |
| PDB ID | 1I4S, 1JFZ, 1RC5, 1RC7, 1YYK, 1YYO, 1YYW, 1YZ9, 2EZ6, 2NUE, 2NUF, 2NUG, 4M2Z, 4M30 | |
| Length | 221 AA | |
| Weigth | 26100 Da | |
| Recomended name | Ribonuclease 3 |
Таблица 1. Информация о белке из UniProt
Aquifex aeolicus - термофильная палочковидная бактерия обитающая в воде в горячих источниках или вблизи подводных вулканов. Впервые была обнаружена в воде горячих источников Йеллоустонского Национального парка при температуре 89°C.[2]
| Cluster ID | Size | Organism | Length | Identity | |
| UniRef90_O67082 | 6 | Aquifex aeolicus (strain VF5), Aquifex aeolicus | 221 | 90% | |
| UniRef50_O67082 | 10 | Aquifex aeolicus (strain VF5), Hydrogenobaculum sp. (strain Y04AAS1), Hydrogenivirga caldilitoris, Hydrogenobaculum sp., Hydrogenobaculum sp. HO, Aquifex aeolicus | 221 | 50% | |
| UniRef100_O67082 | 2 | Aquifex aeolicus (strain VF5), Aquifex aeolicus | 221 | 100% |
Таблица 2. Изучение кластеров
Во всех кластерах белок представлен как репрезентативная последовательность, а сидом в кластере со 100% и 90% идентичностью, что говорит о хорошей аннотированности. В кластер UniRef50 входят еще 8 белков бактерий живущих в экстремальных условиях, что говорит о том, что подобные белки обладают достаточно прочной структурой.
| Организм | Aquifex aeolicus (strain VF5) | Hydrogenobaculum sp. (strain Y04AAS1) | |
| ID Протеома | UP000000798 | UP000001872 | |
| Количество белков | 1553 | 1626 | |
| Swith-Prot % | 50,68% (787) | 9,28% (151) | |
| Количество трансмембранных белков | 272 (21,6%) (Swiss-Prot: 106 (6,83%)) | 336 (20,6%) (Swiss-Prot: 11 (0,68%)) | |
| Ферменты | 476 (30,6%) (Swiss-Prot: 392 (25,24%)) | 441 (27,1%) (Swiss-Prot: 93 (5,72%)) | |
| Термостойкие белки | 5 (0,32%) | 4 (0,24%) |
Таблица 3. Сравнение протеомов
Aquifex aeolicus (strain VF5) достаточно хороша изучена, в Swiss-Prot есть более 50% всех ее белков, чего нельзя сказать о близкородственной Hydrogenobaculum sp. (strain Y04AAS1) (они из одного семейства). У нее описано менее 10%. Это может быть связанно со сложностью культивирования данной бактерии. Количество трансмембранных белков и ферментов у них приблизительно одинаковое. То же можно сказать и про термостойкие белки, что говорит о том, что данные бактерии обитают в схожих условиях (в термальных источниках)[3]. Только у Hydrogenobaculum sp. (strain Y04AAS1) термостойких велков в Swiss-Prot нет.
| Текст запроса: | Всего результатов: | |
| name:ribonuclease 3 | 509648 | |
| name:"ribonuclease 3" taxonomy:"aquifex" | 29 | |
| name:"ribonuclease 3" organism:"aquifex aeolicus strain vf5" | 9 | |
| annotation:(type:transmem) AND reviewed:yes AND proteome:up000001872 | 106 | |
| ec:* AND reviewed:yes AND organism:"Aquifex aeolicus (strain VF5) [224324]" AND proteome:up000000798 | 392 |
Таблица 4. Результаты расширенного поиска
Как видно из таблицы 2 белки данного класса очень широко распространены, что говорит об их значимости в прокариотических клетках. Так же можно предположить, что бактерия Aquifex aeolicus (strain VF5) является одним из первых организмов, из которых были выделены рибонуклеазы, о чем говорит высокая оценка аннтоации.
1) Pubmed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11719970/
2) Информация о бактерии Aquifex aeolicus (strain VF5): https://www.nature.com/articles/32831
3) Информация о бактерии Hydrogenobaculum sp. (strain Y04AAS1): https://aem.asm.org/content/79/9/2932
4) Uniprot: https://www.uniprot.org