Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Параметры einverted: -gap 4, -thr 8, -match 3, -mis -10
| Участок структуры | find_pair | einverted | RNAfold |
| Акцупторный стебель | 5' 501...507 3' 5' 566...572 3' | 5 пар | 7 |
| D-стебель | 5' 510...513 3' 5' 522...525 3' | - | 4 канонические пары и 1 недостоверная |
| T-стебель | 5' 549...553 3' 5' 561...565 3' | - | 5 |
| Антикодоновый стебель | 5' 526...532 3' 5' 538...544 3' | - | 5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 5 | 20 |
Задание 2
Скрипт с определениями множеств: тык
Скрипт: тык
Скрипт для подсчета контактов: тык
| Контакты атомов белка 1h9t с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 20 | 24 |
| остатками фосфорной кислоты | 10 | 9 | 19 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 1 | 7 | 8 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 2 | 2 |
С помощью программы nucplot было создано изображение взаимодействия остатков белка с ДНК.
Файл: тык
Наибольшее колтчество связей имеет Arg45, который связывается с амминогруппами седьмого гуанина. Это пример специфичного связывания. Примером неспецифичного связыывания можно считать Arg49 с фосфорной группой седьмого гуанина.
