Задание 1.
Исходные файлы: 48_F.ab1, 48_R.ab1
Программа UGENE сама определила нечитаемые участки в начале F цепи 31 и 5 в конце. У R цепи в начале программа вырезала 37 и 6 в конце. В целом хроматограмма достаточно качественна, если проблемы с нуклеотидами и были, то в основном, за счет шумов и полиморфизмов. Также на концах последовательностей качество хроматограммы заметно падает.
Выравнивания: F последовательность, R последовательность
С помощью UGENE получены последовательности прямой и обратной цепочек, к которым были подобраны комплиментарные последовательности. После чего бым получен контиг, проблемные участки в котором в последствии были отредактированы.
Референс: тык
Результат: тык
Задание 2. Пример нечитаемой хроматограммы.
Исходный файл: WS2943_SP6R.ab1
Нечитаемость данной хроматограммы обусловлена отсутствием ярковыраженных пиков, наложением пиков друг на друга и огромное пятно краски посреди хроматограммы.
