Описание сборки генома эукариотического организма.

Домашняя Кошка (Felis catus) - наиболее распространенный домашний питомец. В мире насчитывается около 600 миллионов особей и около 200 пород. Это млекопитающее семейства кошачьих, отряда хищных. Домашняя кошка - охотник на мелких животных, в основном на грызунов.

https://gold-palace.ru/819-posmotrim-kartinki-pro.php

Число сборок генома 5
название (assembly name) F.catus_Fca126_mat1.0
AC GCA_018350175.1
assembly level Chromosome
общая длина последовательности 2,425,730,029
число контигов 109
число скэффолдов 70
N50/ L50 контигов 90,731,473/ 10
N50/ L50 скэффолдов 148,491,486/ 7
Последовательность контига тык

Задание 2

По запросу было выдано 4 результата (GenBank 2, RefSeq 2).


Запрос 20000:30000[Sequence Length] AND Globuloviridae[Organism] AND complete genome
AC NC_005872
TaxID 270161
латинское название Pyrobaculum spherical virus Viruses; Globuloviridae; Globulovirus
тип генома dsDNA, linear
хозяина вируса Pyrobaculum sp. D11, Thermoproteus tenax
Ссылка тык

Задание 3

misc_feature - новая или редкая особенность.

AC - AC006516

repeat_region - область генома, содержащая повторяющиеся участки.

AC - AC006516

STS - короткая последовательность ДНК в одной копии, которая характеризует картографический ориентир в геноме и может быть обнаружена с помощью ПЦР.

AC - AC004656

mobile_element - часть генома, содержащая подвижный элемент.

AC - EF445049

variation - родственный штамм содержит стабильные мутации одного и того же гена который отличается от представленной последовательности в указанном месте.

AC - EF445049