Определение функции и таксономии нуклеотидной
Для определения функции нуклеотидной последовательности из 6 практикума я использовал megablast. Большую часть параметов я оставил по умолчанию, а world size вместо 28 я поставил 16. Выдачу можно увидеть по ссылке - тык
52 находки с нулевым e-value и процентом идентичности от 98% до 95% принадлежат роду Ophiopholis и являются субъединицей I цитохром с-оксидазы (Cytochrome c oxidase subunit I).
Чтобы определить таксономическое положение было получено и визуализированно выравнивание 5 лучших находок с исходной последовательностью тык. Так мне удалось подствердить мои догадки о принадлежности исходной последовательности Ophiopholis aculeata.
Поиск генов белков в неаннотированной нуклеотидной последовательности
Для осуществления поиска был выбран контиг кота (Felis catus). С помощью алгоритма blastx с использованием параметров по умолчанию, кроме world size, который был изменен на 2, был осуществлен поиск белков млекопитающих за исключением самого кота. Выдача - тык
С достаточно большой вероятностью одним из белков является киназа, которая катализирует перенос фосфатной группы от молекулы аденозинтрифосфата (АТФ) на различные субстраты.
Интепретация карты локального сходства гомологичных хромосом двух бактерий
Я выбрал две бактерии, которые относятся к роду Rickettsia: Rickettsia prowazekii str. Breinl и Rickettsia slovaca 13-B
По карте видно, что бактерии действительно являются родственными, об этом говорят большие гомологичные участки. Также можно наблюдать несколько участков инверсий (они обозначены красным) и один крупный разрыв, который обусловлен, судя по всему, особенностями нумерации кольцевых геномов.