Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step. Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and inter-strand overlap is designated according to the following diagram: i2 3' 5' j2 /|\ | | | Strand I | | II | | | | | \|/ i1 5' 3' j1 step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GG/UC 1.25( 0.15) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.42( 0.00) 2.67( 0.15) 2 GC/GU 7.06( 4.45) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.41( 3.81) 13.48( 8.26) 3 CC/GG 0.11( 0.00) 0.00( 0.00) 0.35( 0.00) 3.20( 1.76) 3.65( 1.76) 4 CC/GG 0.17( 0.00) 0.00( 0.00) 0.23( 0.00) 3.65( 2.26) 4.06( 2.26) 5 CC/GG 0.98( 0.18) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 2.53( 1.08) 3.54( 1.25) 6 CA/UG 0.21( 0.00) 0.00( 0.00) 1.33( 0.10) 0.75( 0.07) 2.29( 0.17) 7 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.50( 0.24) 1.50( 0.24) 8 GG/CC 2.59( 1.07) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.40( 0.75) 4.99( 1.82) 9 GG/CC 4.29( 3.00) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 0.63( 0.00) 4.94( 3.00) 10 GG/CC 3.63( 2.33) 0.00( 0.00) 0.17( 0.00) 0.10( 0.00) 3.91( 2.33) 11 GG/CC 4.14( 2.50) 0.00( 0.00) 0.55( 0.00) 0.00( 0.00) 4.70( 2.50) 12 GU/AC 6.60( 3.78) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.06( 0.26) 8.66( 4.04) 13 UU/GA 5.42( 2.56) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.64( 1.99) 10.05( 4.55) 14 UA/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 15 AG/CC 4.47( 2.30) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.36( 2.29) 9.84( 4.59) 16 GG/CC 2.70( 1.19) 0.00( 0.00) 0.48( 0.00) 0.71( 0.00) 3.90( 1.19) 17 GC/GC 6.83( 3.68) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.78( 3.83) 13.61( 7.51) 18 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.06( 0.00) 2.84( 1.31) 3.91( 1.31) 19 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.94( 2.16) 0.00( 0.00) 4.94( 2.16) 20 GA/GC 1.60( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.75( 2.82) 7.35( 2.82) 21 AG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.58( 0.00) 1.13( 0.67) 1.71( 0.67) 22 GU/AC 4.99( 2.30) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.53( 2.12) 8.52( 4.42) 23 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.70( 2.23) 3.70( 2.23) 24 CU/GG 1.17( 0.02) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.51( 1.02) 3.69( 1.04) 25 UA/UG 0.00( 0.00) 2.57( 0.20) 6.41( 4.80) 0.00( 0.00) 8.98( 5.00) 26 AG/CU 3.98( 1.64) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.98( 1.64) 27 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 28 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 29 GG/UC 1.25( 0.16) 0.00( 0.00) 0.02( 0.00) 0.71( 0.00) 1.98( 0.16) 30 GC/GU 6.95( 4.27) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.29( 3.72) 13.25( 7.99) 31 CC/GG 0.38( 0.01) 0.00( 0.00) 0.29( 0.00) 3.43( 2.05) 4.11( 2.06) 32 CC/GG 0.07( 0.00) 0.00( 0.00) 0.27( 0.00) 3.73( 2.37) 4.06( 2.37) 33 CC/GG 1.30( 0.29) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 2.70( 1.19) 4.02( 1.48) 34 CA/UG 0.46( 0.00) 0.00( 0.00) 1.06( 0.02) 1.05( 0.12) 2.56( 0.14) 35 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.59( 0.00) 1.71( 0.29) 2.30( 0.29) 36 GG/CC 2.47( 0.97) 0.00( 0.00) 1.43( 0.00) 0.00( 0.00) 3.91( 0.97) 37 GG/CC 4.17( 2.85) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 0.49( 0.00) 4.68( 2.85) 38 GG/CC 3.62( 2.29) 0.00( 0.00) 0.14( 0.00) 0.12( 0.00) 3.88( 2.29) 39 GG/CC 3.95( 2.11) 0.00( 0.00) 0.89( 0.00) 0.00( 0.00) 4.84( 2.11) 40 GU/AC 6.62( 3.83) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.86( 0.23) 8.48( 4.05) 41 UU/GA 5.50( 2.63) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.54( 1.26) 9.05( 3.90) 42 UA/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 43 AG/CC 4.71( 2.69) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.91( 2.56) 10.62( 5.25) 44 GG/CC 2.77( 1.28) 0.00( 0.00) 0.46( 0.00) 0.84( 0.00) 4.07( 1.28) 45 GC/GC 6.90( 3.75) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.69( 3.69) 13.59( 7.44) 46 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.17( 0.00) 2.78( 1.25) 3.95( 1.25) 47 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.97( 2.17) 0.00( 0.00) 4.97( 2.17) 48 GA/GC 1.77( 0.01) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.50( 2.60) 7.27( 2.61) 49 AG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.51( 0.00) 1.11( 0.65) 1.61( 0.65) 50 GU/AC 5.05( 2.35) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.18( 1.95) 8.22( 4.30) 51 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.60( 2.13) 3.60( 2.13) 52 CU/GG 1.26( 0.04) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.58( 1.07) 3.84( 1.11) 53 UA/UG 0.00( 0.00) 2.53( 0.16) 6.40( 4.79) 0.00( 0.00) 8.93( 4.95) 54 AG/CU 3.80( 1.65) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.80( 1.65) 55 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00)