После сбора полных протеомов бактерий был запущен локальный бласт.
Локальный бласт был проведен при помощи команд:
makeblastdb -in STRAW.fasta -dbtype prot
blastp -query CLPX_ECOLI.fasta -db STRAW.fasta -out ./resultы/STRAW -evalue 0.001
В результате был получен файл
После чего найденные последовательности были выравнены с Jalvew. Тык И загружены в программу MEGA, где было реконструировано дерево по алгоритму Neighbor Joining. Newick-файл
Крупные группы ортологов (ClpX, FtsH) были объеденены в группы скобками и выделены цыетом.
Некоторые паралоги: CPLX CLAMS и B0RHW4 CLAMS, CPLX LEIXX и Q6ACQ0 LEIXX.
Некоторые ортологи: FTSH ACIC1 и FTSH RUBXD, CPLX ACIC1 и Q47MU4 THEFY.
Тут ортологи объеденены в одну кладу. Вполне вероятно, что белки разошлись эволюционно достаточно давно, о чем говорит то, что они хорошо разделяются на группы.
Ортологичная группа FtSH - АТФ-зависимая цинковая металлопротеаза. Найдена у всех бактерий.
Ортологичная группа ClpX - АТФ-зависимая протеаза Clp АТФ-связывающая субъединица. Найдена у всех бактерий.