Murine hepatitis virus strain A59
Псле ввода в поиске NCBI 'Coronaviridae' я выбрал заинтересовавший меня Мышиный коронавирус, потому что он вроде бы и гепатит, но при этом по таксономии коронавирус. Это рекомбинантный штамм вируса гепатита А59 мыши из клонированной полноразмерной кДНК. Геном
MEME
Перед началом работы с сервисом МЕМЕ был подготовлен файл. Программа была запущена со следующими параметрами:
В результате я получил наиболее подходящую на мой взгляд конценсусную последовательность ACWGCCC с нелохим p-value в 6 из 11 генов.
FIMO
Проверка PWМ проводилась с помощью FIMO по всему геному и выявила мотив ACTGCCC 5 раз при p-value 1e-4, доля находок сходна с выдачей МЕМЕ так что можно сичтать, что данный мотив действительно является сигналом.
