Банки нуклеотидных последовательностей

Задание 1. Качество сборки генома эукариотического организма

Название: Обыкновенная лиса (Vulpes vulpes)
Число сборок генома: 1 
Основная информация по сборке VulVul2.2:

Общая длина (последовательность)		2,421,568,072
Число контигов сборки				183,898
N50 и L50					55,450 и 12,033 соответствено
Число аннотированных белков			37915
Публикация с описанием проекта			 PRJNA378561 
Последовательность контига NBDQ01000002.1	 ссылка 

Задание 2. Описание семи ключей, используемых в таблицах особенностей

Название
Описание
Пример


repeat_region

область генома, содержащая повторяющиеся участки
/allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":" 
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/old_locus_tag="text" (single token)
/rpt_family="text"
/rpt_type=
/rpt_unit_range=
/rpt_unit_seq="text"
/satellite="[:][ ]"
/standard_name="text"


 Ссылка на страницу с записью
repeat_region  	38208..39077
		/inference="COORDINATES: alignment:crt:1.2"
		/inference="COORDINATES: alignment:pilercr:v1.02"
		/rpt_family="CRISPR"
		/rpt_type=direct
		/rpt_unit_range=38210..38237
		/rpt_unit_seq="gttcactgccgtataggcagctaagaaa"



rRNA

Зрелая рибосомальная РНК
/allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/old_locus_tag="text" (single token)
/operon="text"
/product="text"
/pseudo
/pseudogene="TYPE"
/standard_name="text"


 Ссылка на страницу с записью
rRNA            <1..>2343
                     /locus_tag="DQH20_RS26435"
                     /product="23S ribosomal RNA"



CDS

Кодирующая последовательность; последовательность нуклеотидов, 
которой соответствует последовательность аминокислот в белке ; содержит 
информацию о продукте гена, функции; названии, координатах гена и др.
/allele="text"
/artificial_location="[artificial_location_value]"
/citation=[number]
/codon_start=<1 or 2 or 3>
/db_xref=":"
/EC_number="text"
/exception="[exception_value]"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/number=unquoted text (single token)
/old_locus_tag="text" (single token)
/operon="text"
/product="text"
/protein_id=""
/pseudo
/pseudogene="TYPE"
/ribosomal_slippage
/standard_name="text"
/translation="text"
/transl_except=(pos:,aa:)
/transl_table =
/trans_splicing

 Ссылка на страницу с записью
CDS             complement(<1..493)
                     /locus_tag="DQH20_RS30475"
                     /inference="COORDINATES: similar to AA
                     sequence:RefSeq:NP_253960.1"
                     /note="Derived by automated computational analysis using
                     gene prediction method: Protein Homology."
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="hypothetical protein"
                     /protein_id="WP_074246002.1"
                     /translation="MALLGITLLAGAAFVGGYLYRRGLDRRRYRFIQQFRLPPRVAQA
                     VRERYPQLSEEQVQRVLGGLREYLLLCRAAGKRMVAMPSQVVDVAWHELILHTRLYQH
                     VCRKGLGRFLHHTPAQAMRSPRQAQEGIQRAWKLACRREGIDPLNPTRLPLLFALDTE
                     LAIA"


exon

область генома, кодирующая часть сплайсированной мРНК, 
 рРНК и тРНК; может содержать 5'UTR, все CDSs и 3 ' UTR;
/allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/EC_number="text"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/number=unquoted text (single token)
/old_locus_tag="text" (single token)
/product="text"
/pseudo
/pseudogene="TYPE"
/standard_name="text"
/trans_splicing


 Ссылка на страницу с записью
exon            1..1732
                     /gene="LOC100304347"
                     /gene_synonym="GRMZM2G035664"
                     /inference="alignment:Splign:2.1.0"
                     /pseudo



gene

область биологического молекулы, идентифицированная как ген 
 и для которого было назначено имя
/allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/old_locus_tag="text" (single token)
/operon="text"
/product="text"
/pseudo
/pseudogene="TYPE"
/phenotype="text"
/standard_name="text"
/trans_splicing



 Ссылка на страницу с записью
gene            2824..3750
                     /locus_tag="YCL074W"
                     /note="Pseudogene: encodes fragment of Ty Pol protein"
                     /pseudo


mat_peptide
зрелая кодирующая белок или пептид последовательность,
не включающая стоп-кодон, в отличие от СDS
/allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/EC_number="text"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/old_locus_tag="text" (single token)
/product="text"
/pseudo
/pseudogene="TYPE"
/standard_name="text"


 Ссылка на страницу с записью
 mat_peptide     join(1598..1694,2244..2386)



misc_feature
область биологического молекулы, которая не может быть описана
 любым другим ключом характеристики; Новая или редкая характеристика
/allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/number=unquoted text (single token)
/old_locus_tag="text" (single token)
/phenotype="text"
/product="text"
/pseudo
/pseudogene="TYPE"
/standard_name="text"


 Ссылка на страницу с записью
 misc_feature    795..852
                     /note="23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short"

Задание 3. Геномный проект "1000 геномов грибов" или 1KFG

К настоящему моменту нам известно около 1.5 миллиона различных грибов. Они представляют огромную часть Дерева Жизни и оказывают громадное влияние на биосферу и деятельность человека.

Грибы - это и редуценты органики, и патогены, среди них также много симбионтов различных растений. Мы должны понимать как они функционируют и как они взаимодействуют в естественных и искуственных условиях, если хотим использовать представителей царства грибов.

Цель проекта - за 5 лет секвенировать геномы 1000 грибов с разных ветвей эволюционого дерева этого царства.

Международная исследовательская группа работает над этим проектом в сотрудничестве с Объединенным институтом генома министерства энергетики США.

Работа началась в 2012 году, к настоящему моменту отсеквенировано и опубликовано более, чем 1000 геномов грибов, и исследователи занялись анализом полученных данных
для извлечения дополнительной информации о грибах.
 Ссылка на страницу с записьюCсылка на одну из последних публикаций в 2017 году
 Cсылка на сайт проекта

Задание 4. Таблица митохондриальных генов

Текст запроса: tax_tree(6040) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion"
Был произведен поиск по ENA на сайте EBI, 
в результате чего было получено 0 находки в Update и 65 находки в Release  
В качестве представителя таксона был выбран организм Amphimedon compressa (Sequence: EU237474.1)

Таблицу митохондриальных генов морского конька вы можете загрузить, кликнув по  ссылка
На рисунке ниже представлено расположение соответствующих кодирующих участков в геноме; в рассматриваемой записи было представлено 14 белковых продуктов