Чтение последовательностей по Сэнгеру

Задание 1

Ниже представлены два случайных участка двух последовательностей:
1. Ae6_18SII_R_H06_WSBS-Seq-1-08-15.ab1 ( ссылка)
2. Ae6_18SII_F_H05_WSBS-Seq-1-08-15.ab1 ( ссылка)
Для последней была применена комаенда "reverse complement", соответсвенно на картинке показана комплементарная цепочка.
Обе хроматограммы можно назвать хоришими, потому что по подавляющемубольшенству пиков однозначно определяется нуклеотид 
в последовательности. Однако стоит отметить, что уровень шума для первой последовательности существенно ниже,
чем для второй. Если для первой отношенение сигнала к шуму отличается в среднем примерно в 20 раз, то для второй в 5.

Границы нечитаемых 5'- и 3'-участков, которые были удалены:
1. Ae6_18SII_R_H06_WSBS-Seq-1-08-15.ab1:1-39 и 750-920
2. Ae6_18SII_F_H05_WSBS-Seq-1-08-15.ab1:1-39 и 620-920  
Проблемные участки:
Представлены диграммы после удаления нечитаемых участков.

На хроматограмме для 2. Ae6_18SII_F_H05_WSBS-Seq-1-08-15.ab1  видно 5 букв "N". Если сравнить нуклеотиды 2 последовательностье,
то видно, что все буквы, кроме "N" совпадают. Однако для данного участка можно однозначно определить каждую букву "N",
потому что для 1. Ae6_18SII_R_H06_WSBS-Seq-1-08-15.ab1 буквы в соответствующих местах однозначно определены и цвет максимальных 
пиков для двух последовательностей совпадает, но для 2. Ae6_18SII_F_H05_WSBS-Seq-1-08-15.ab1 слишком большой шум.
Ниже приведена картинка с исправлеными нуклеотидами(написаны прописными буквами).

последовательности в Fasta-формате:
1. Ae4_18SII_R_G06_WSBS-Seq-1-08-15
2. Ae4_18SII_F_G05_WSBS-Seq-1-08-15
проект выравнивания:
ссылка

Задание 2

На картинке представлен нечитаемый учаток хроматограммы.

Хроматограмма является нечитаемой, так как пики размытые и непериодичные, сигнал шума на слишком высоком уровне, поэтому 
невозможно установить нуклеотидную последовательность.