1. Карта локального сходства двух полипротеинов.
Ниже приведена карта локального сходства полипротеина вируса полиомиелита (P03300) и полипротеина вируса ящура (P03310).
1) Вес 253 (646 бит)
Процент идентичных остатков 29%
Процент сходных остатков 48%
Число гэпов 55
Длина участков:
P03300 - 615 а.о. (1594-2208)
P03310 - 644 а.о. (1680-2323)
Названия зрелых белков для данных участков:
P03300: Protein 3CD, Protease 3C, RNA-directed RNA polymerase.
P03310: Picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase 3D-POL.
2) Вес 158 (400 бит)
Процент идентичных остатков 30%
Процент сходных остатков 44%
Число гэпов 73
Длина участков:
P03300 - 410 а.о. (1010-1419)
P03310 - 431 а.о. (949-1379)
Названия зрелых белков для данных участков:
P03300: Protein 2B, Protein 2C.
P03310: Protein 2B, Protein 2C.
2. Сравнение веса выравнивания со случайным
Для двух гомологичных белков CHEA_ECOLI CHEA_BACSU (вес выравнивания - 1046.5)
После локальных выравниваний CHEA_BACSU белка со 100 случайно перемешанными последовательностями CHEA_ECOLI были получены следующие результаты.
m (медиана) - 94.25 Q1 (верхний квартиль) - 100.0 B (вес в битах) - 165.9 Р - 1е-50
Для двух негомологичных белков LGOT_ECOLI FLIF_BACSU (вес выравнивания - 33.5)
После локальных выравниваний FLIF_BACSU белка со 100 случайно перемешанными последовательностями LGOT_ECOLI были получены следующие результаты.
m (медиана) - 39.0 Q1 (верхний квартиль) - 43.0 B (вес в битах) - 0.58 Р - 0.67
3. 3. BLAST: поиск гомологов для белка ALX12233.1 в банке Swiss-Prot
1) Q5HLD1.1
Вес 308 (789 бит)
Процент идентичных остатков 51%
Процент сходных остатков 70%
Число гэпов 1
Длина участков:
Q5HLD1.1 - 285 а.о. (1-285)
ALX12233.1 - 284 а.о. (1-284)
Expect 3e-104
Процент покрытия 96%
2) Q5HD54.1
Вес 308 (789 бит)
Процент идентичных остатков 50%
Процент сходных остатков 68%
Число гэпов 11
Длина участков:
Q5HD54.1 - 285 а.о. (1-288)
ALX12233.1 - 284 а.о. (1-287)
Expect 2e-101
Процент покрытия 97%