Геномное окружение. База данных GO

Получение информации о КОГе белка

В первом семестре мне был выдан белок ALX12233.1: UTP - глюкозо-1-фосфат-уридилилтрансфераза

Для него обрнаруживается несколько КОГов, был выбран с минимальным e-value.

ID		E-value		Координаты		Название					Функциональная категория
COG1210         4.32e-177       1-289
				(в белке всего          UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase     M - Cell wall/membrane/envelope biogenesis
				294 а.о.)               UTP - глюкозо-1-фосфат-уридилилтрансфераза          Клеточная стенка / мембранная / для биогенеза оболочки

Визуализация геномного окружения

Данный КОГ встречается у многих орагнизмов. Говорить о консервативности геномного окружения нельзя, так окружения обнаруживается при давольно низком Threshold, например при занчении 20% ничего не находится, т.е. есть вариабельность. С выдачей COGNAT можно ознакомиться по ссылке

Окружение состоит из COG0438,COG1004,COG1109. Найденные белки, скорее всего, связаны фунцианально, а именно участвуют в синтезе полисахаридов(нуклеотид-сахарный метаболический процесс)

Отнесение белка UTP - глюкозо-1-фосфат-уридилилтрансфераза из Burkholderia cepacia JBK9 к терминам GO

P-value = 6.2e-85

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q3A909 (CHY_2582)

Аспект			Идентификатор GO	Название термина			Перевод названия термина			Код типа достоверности

Биологический процесс   GO:0009225              nucleotide-sugar metabolic process       нуклеотид-сахарный метаболический процесс       ISS
(Biological process)

Молекулярная функция
(molecular function)    GO:0003983		UTP:glucose-1-phosphate                  глюкозо-1-фосфат-уридилилтрансферазная          ISS

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности			Объяснение
ISS			Inferred from Sequence or structural Similarity		Функция была подтверждена непосредственным исследованием последовательности вручную						uridylyltransferase activity		 активность