Добавляем атомы водорода к структурам, используя силовое поле "Gromos 53а6" (и не рассматривая атомы воды).

Теперь сравним визуально топ-3 структур (по энергии) с РСА моделью 1KXT (последняя на всех картинках покрашена в зеленый):

Как мы видим, следующие модели более-менее похожи на РСА модель 1KXT, однако положение участка антитела сильно варьируется (он "вращается" вокруг связываемого белка).

Попробуем провести тот же докинг, но с опцией -D (в этот раз для экономии времени запросим всего 10 моделей).

И проиллюстрируем лучшую находку (1KXT снова покрашен зеленым цветом):

Участок антитела в том же месте и практически в том же положении.

Скачаем структуру 1KXT к себе в рабочую директорию. И воспользуемся g_rms для подсчета RMSD между С-альфа атомами полученных моделей и 1KXT.

Выведем модель,которая имела максимальный RMSD

Расположением участка антитела эта модель похожа на результат РСА, однако предыдущая модель выглядит лучше. Видимо, по умолчанию g_rms сравнивает лишь белки по отдельности или один из белков, а не их комплексы целиком.