Практикум 3: Структурный анализ белка (PDB ID: 1SFX)

Общая характеристика структуры

Объектом исследования является белок, пространственная структура которого определена методом рентгеновской кристаллографии. Биологическая единица - гомодимер, образованный двумя идентичными полипептидными цепями (A и B). Асимметрическая единица совпадает с биологической.

Рис. 1. Общий вид хода остова полимерных цепей.

Характеристика отдельных цепей

Цепи A и B полностью идентичны, что позволяет провести их совместное описание.

• UniProt ID: O28271
• Организм: Archaeoglobus fulgidus
• Рекомендуемое название: Transcription regulator TrmB N-terminal domain-containing protein.
• Предполагаемая функция: регулятор транскрипции, содержащий ДНК-связывающий домен типа «спираль-поворот-спираль» (HTH).
• Мутации: мутаций относительно референсной UniProt-последовательности нет. Все отличия — либо модифицированные остатки (MSE), либо добавленные клонированные остатки (Cloning artifacts).

Модифицированные остатки

Вторичная структура

Анализ вторичной структуры показал, что в белке преобладают α-спирали.

Рис. 2. Окраска белка по типам вторичной структуры.

Малые молекулы

В записи структуры присутствуют такие малые молекулы, как:

• Ионы хлора (CL, Chloride ion)
• Этиленгликоль (EDO, 1,2-Ethanediol)
• Вода (HOH, Water)

Рис. 3. Окружение лиганда EDO, показаны аминокислотные остатки в радиусе 5 Å.

Взаимодействия в структуре белка

Структура данной молекулы поддерживается водородными связями, солевыми мостиками и стекинг-взаимодействиями. Дисульфидных мостиков обнаужено не было, так как в белке отсутствуют остатки цистеина.

Рис. 4. Водородные связи между атомами остова.

Рис. 5. Водородные связи с участием боковых цепей.

Рис. 6. Солевой мостик между заряженными остатками.

Рис. 7. Стекинг-взаимодействие 2 остатков тирозина.